李梢-2016

 

李 梢

华大学教授、博士生导师

清华信息国家实验室 中医药交叉研究中心 主任

清华信息国家实验室 生物信息学部 副主任

 

通讯地址:清华大学FIT1-107 (邮编:100084

电话:010-62797035;传真:010-62773552

Emailshaoli@tsinghua.edu.cn

 

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欢迎加入本课题组!

博士、硕士招生方向:计算背景(信息或数理专业);实验背景(生物医药专业)

博士后招聘方向:网络药理学、系统生物学(生物、医药、生物信息等专业)

学历

北京中医药大学 医学博士(1998.92001.7

皖南医学院 医学硕士(继承家族医学-国家非物质文化遗产)(1995.91998.7

北京中医药大学 医学学士(1990.91995.7

 

工作经历

清华大学    教授(2009.12至今)

清华大学    博士生导师(2008.9至今)

清华信息科学与技术国家实验室(筹)中医药交叉研究中心 主任(2017.9至今)

清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学研究部 副主任(2006.2至今)

清华大学自动化系、生物信息学教育部重点实验室    副研究员(2004.122009.11

清华大学自动化系、生物信息学教育部重点实验室    讲师(2003.82004.12

清华大学自动化系、生物信息学教育部重点实验室    博士后(2001.92003.8

 

奖励与荣誉

英国皇家化学会“Top 1%高被引中国作者”(2016

大挑战2015•青年科学家(盖茨基金会、科技部联合颁发)(2015

国家杰出青年科学基金(2012

国家教学成果二等奖(2009

国家科技进步二等奖(2004

全国百篇优秀博士学位论文(2003

茅以升北京青年科技奖(2009

教育部新世纪优秀人才支持计划(2007

清华大学先进工作者(2008

 

学术兼职

清华大学医学院(药学系)兼职教授

清华大学生命科学学院 兼职教授

中国中医科学院 客座研究员

世界中医药学会联合会 网络药理学专业委员会 会长

中国药理学会 网络药理学专业委员会 副主任委员

世界中医药学会联合会 方药量效研究专业委员会 副会长

中国抗癌协会整合肿瘤学分会 常务委员

Scientific ReportsEvidence-based Complementary and Alternative Medicine (ECAM)Chinese MedicineJournal of Traditional Chinese MedicineChinese Journal of Integrative MedicineChinese Journal of Natural Medicines SCI刊物 编委

ECAM“中医药网络药理学专刊”客座主编、“基于证据的中医证候研究专刊”客座编辑

 

开设课程

《生物信息学概论》(2007至今)

《生物信息学专题》(2006至今)

《传统与现代:中医药科学研究进展》(2014至今,合开课)

《生物信息学计算与实验研究》(实验室科研探究课)(2007-2011

 

在读学生

博士生:谭艾迪、郭玉成、崔佳星、张鹏、郑佳惠、丁清扬(联合指导)、王鑫、鲍晨、张一丁、杨明冉、侯思宇、周武爱、张斯琴

硕士生:阮良、肖帅

 

毕业学生

博士:张博、马涛、梁旭俊、李睿、祖松鹏

硕士:吴立疆、包云泉、张宁波、黄也周、李一捷、袁珺、赵世文、王旭、欧阳子博、白明、吕新培、周建州

本科:吴雪兵、姚邦鹏、魏颖颖、姜多、房佑寒,等

 

 

科研方向网络药理学、生物信息学与中医药现代化;中西医药大数据分析

 

研究概述

本课题组致力于构建“网络药理学”新方法,从网络与系统的角度探索疾病机理和药物干预机制,阐释中医药的科学内涵,促进个体化、系统性诊疗的发展。“网络药理学”以系统性、预测性研究为特点,是生物信息学、系统生物学与医药交叉的新方向,也是大数据时代医药研究的一种新模式。

1.  建立一套利用大数据、从生物分子网络角度研究中西医药的关键算法

  CIPHER:基于网络的致病基因预测 [Molecular Systems Biology 2008]Nature China研究亮点; AMIA TBI2009年度选评论文

  drugCIPHER基于网络的药物靶标预测 [PLoS ONE 2010]Nature China研究亮点

  NIMS基于网络的协同药物组合预测算法 [BMC Systems Biology 2011]F1000必读论文

  GIFT:药物子结构-蛋白质结构域关系预测算法 [Bioinformatics 2015]

  comCIPHER药物-基因-疾病的网络共模块分析算法 [Bioinformatics 2012]

  LMMA:融合文献与组学数据的疾病特异性分子网络构建算法 [Bioinformatics 2006]

  重要生物过程的动态分子网络分析方法 [Bioinformatics 2012]

  DMIM:中药配伍网络构建算法 [BMC Bioinformatics 2010]

  CSPN:疾病信号通路网络构建 [BMC Bioinformatics 2010]

  dbNEI:药物-NEI-疾病的多层次网络 [Bioinformatics 2008]

2.  构建重要疾病和中医证候的生物分子网络,发现病证的系统生物学基础、新机制、新标志物

   中医寒热证的生物分子网络 [IET Systems Biology 2007] IET SB最高引用论文

   炎癌转化的分子-细胞-系统多尺度模型 [Cancer Research 2017]

   胃炎和癌前病变患者的寒热证分子网络与生物标志 [Sci Rep 2013]TBC2013亮点研究

   寒证家系的网络生物学特征 [Mol BioSystems 2010]

   胃炎寒、热证患者的舌苔菌群网络 [Sci Rep 2012]

   CIPHER预测肝癌新机制的合作案例 [Hepotology 2015, 参与; Gastroenterology 2017, 参与]

3.  提出以病证生物网络为靶标的“网络靶标”概念和方法,开辟中药方剂研究和药物发现新途径

   发现寒热中药的网络调节机制[IET Systems Biology 2007.1],建立基于生物网络的中药方剂研究框架[JCIM 2007.9]两文的发表时间早于国际上Network Pharmacology一词的提出时间[Hopkins. Nature Biotechnology 2007.10]

   提出“网络靶标”新概念、新方法 [BMC Systems Biology 2011;中国中药杂志2011]F1000必读论文领跑者5000论文

   “网络靶标”为核心建立中医药网络药理学[Chin J Nat Med 2013]CJNM最高引用论文; CJNM主编评述

   提出适于理解中药方剂作用机制的、基于网络靶标的效应开关模型 [Science 2015传统医学增刊]

   中药方剂的网络药理学研究案例:

清络饮 [IET SB 2007; ECAM 2013, 2015]

六味地黄方 [BMC Bioinfo 2010; Mol BioSystems 2014]MBS面论文; 英国皇家化学会“Top 1%高被引”论文

葛根芩连汤 [ECAM 2014]

乌头汤 [SR 2015; Oncotarget 2016]

活性成分发现 [JEP 2015; APS 2016]

 

 媒体相关报道

201695. 第三届中医科学大会的有关评价链接

2016611. CCTV“焦点访谈”:传道授业视频

2016612.《中国中医药报》:当前国际传统药物学研究的趋势报道

20151210.《中国中医药报》:李梢教授提出中药新作用机制模型报道

2015110. 世界中医药学会联合会:“2014年世界中医药十大新闻”报道

2014124. 国家自然科学基金委:李梢课题组采用网络药理学方法研究中医药取得新进展报道

2014114. 美国《华尔街日报》:New data on ancient remedies. 新闻报道原文

20101015.《中国中医药报》:网络靶标可阐释中药方剂作用机理报道《大公报》转载

 

主要学术论文*通讯作者

   论文引用情况:Google Scholar Citations

       2017

1.       Guo Y, Nie Q, MacLean A, Li Y, Lei J*, Li S*. Multiscale modeling of inflammation-induced tumorigenesis reveals competing oncogenic and onco-protective roles for inflammation. Cancer Research 2017;77(22):6429-6441  [link] 报道

2.       Lin X, Hu L, Gu J, Wang R, Li L, Tang J, Zhang B, Yan X, Zhu Y, Hu C, Zhou W, Li S, Liu J, Gonzalez F, Wu M, Wang H*, Chen L*. Choline Kinase Alpha mediates interactions between the Epidermal Growth Factor Receptor and mTORC2 in hepatocellular carcinoma cells to promote drug resistance and xenograft tumor progression. Gastroenterology 2017;152:1187–1202 [link]

3.       D Xi*, T Bao, Qi Chen, S Chen, Y Cheng, J Cullen, D Frank, J Friedberg, I Kronish, J Lee, M Levine, P Li, S Li, W Lu, J Mao, S Keefe, L Rubinstein, M Shah, L Standish, C Paller, E Chu. State of the Science: Cancer Complementary and Alternative Medicine Therapeutics Research—NCI Strategic Workshop Highlights of Discussion Report. JNCI Monographs 2017;52:lgx003 [link]

4.       LF Wang, YS Liu, B Yang, P Li, XS Cheng, CX Xiao, JJ Liu, S Li, JL Ren, B Guleng*. The extracellular matrix protein mindin attenuates colon cancer progression by blocking angiogenesis via Egr-1-mediated regulation. Oncogene 2017 (Accepted) [link]

5.       Huang Q, Xu L, Qu W, Ye Z, Huang W, Lin J, Li S*, Ma H*. TLC Bioautography-guided Isolation of Antioxidant Activity Components of Extracts from Sophora flavescens Ait. European Food Research and Technology 2017;243:1127-1136 [link]

6.       吴艳阳,胡涌泉,周海燕,张博*,李梢*.匹美克莫司使线粒体受损并激活AMPK信号通路与线粒体自噬.中国细胞生物学学报 2017,39(7):889897 [link]

 

       2016

7.       Li S*. Exploring traditional Chinese medicine by a novel therapeutic concept of network target. Chinese Journal of Integrative Medicine 2016;22(9):647-652 (Feature Article) [pdf]

8.       Qi Q, Li R, Li H, Cao Y, Bai M, Fan X, Wang S, Zhang B*, Li S*. Identification of the anti-tumor activity and mechanisms of nuciferine through a network pharmacology approach. Acta Pharmacologica Sinica 2016;37:963-972 [pdf]

9.       Zhang Y, Mao X, Guo Q, Bai M, Zhang B, Liu C, Sun Y, Li S*, Lin N*. Pathway of PPAR-gamma coactivators in thermogenesis: a pivotal traditional Chinese medicine-associated target for individualized treatment of rheumatoid arthritis. Oncotarget 2016;7(13):15885-15900 [pdf]

10.    Wang T, Xie Y, Tan A, Li S, Xie Z*. Construction and characterization of synthetic microRNA cluster for multiplex RNA interference in mammalian cells. ACS Synthetic Biology 2016;5(11):1193-1200 [link]

11.    Ding F, Tan A, Ju W, Li X, Li S*, Ding J*. The prediction of key cytoskeleton components involved in glomerular diseases based on a protein-protein interaction network. PLoS ONE 2016;11(5):e0156024 [pdf]

12.    Zhang Y, Mao X, Guo Q, Lin N, Li S*. Network pharmacology-based approaches capture the essence of Chinese herbal medicines. Chinese Herbal Medicines 2016;8:107-116 [pdf]

 

       2015

13.    Li S*. Mapping ancient remedies: applying a network approach to traditional Chinese medicine. Science 2015;350(6262 Supplement):S72-S74 (传统医学增刊) [pdf] [原文]

14.    Zu S, Chen T, Li S*. Global optimization-based inference of chemogenomic features from drug-target interactions. Bioinformatics 2015;31(15):2523-2529 [pdf]

15.    Zhang B, Lu C, Bai M, He X, Tan Y, Bian Y, Xiao C, Zhang G, Lu A*, Li S*. Tetramethylpyrazine identified by a network pharmacology approach ameliorates methotrexate-induced oxidative organ injury. Journal of Ethnopharmacology 2015;175:638-647 [link]

16.    Wu M, Lu P, Shi L*, Li S*. Traditional Chinese patent medicines for cancer treatment in China: a nationwide medical insurance data analysis. Oncotarget 2015;6(35):38283-38295 [pdf]

17.    Su B, Luo T, Zhu J, Fu J, Zhao X, Chen L, Zhang H, Ren Y, Yu L, Yang X, Wu M, Feng G, Li S, Chen Y*, Wang H*. Interleukin-1β/IRAK-1 inflammatory signaling contributes to persistent Gankyrin activation during hepatocarcinogenesis. Hepatology 2015;61(2):585–597 [link]

18.    Zhang Y, Bai M, Zhang B, Liu C, Guo Q, Sun Y, Wang D, Wang C, Jiang Y, Lin N*, Li S*. Uncovering pharmacological mechanisms of Wu-tou decoction acting on rheumatoid arthritis through systems approaches: drug-target prediction, network analysis and experimental validation. Scientific Reports 2015; 5: 9463 [pdf]

19.    Li Y, Li R, Ouyang Z, Li S*. Herb network analysis for a famous TCM doctor’s prescriptions on treatment of rheumatoid arthritis. Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine 2015: 451319 [pdf]

20.    Li R, Chen T*, Li S*. Network-based method to infer the contributions of proteins to the etiology of drug side effects. Quantitative Biology 2015;3(3):124-134 [pdf]

21.    张彦琼,李梢*.网络药理学与中医药现代研究的若干进展.中国药理学与毒理学杂志2015;29(6):883-892 [pdf]

22.    Zhao X, Fu J, Xu A, Yu L, Zhu J, Dai R, Su B, Luo T, Li N, Qin W, Wang B, Li S, Chen Y*, Wang H*. Gankyrin drives malignant transformation of chronic liver damage-mediated fibrosis via Rac1/JNK pathway. Cell Death & Disease 2015;6:e1751

23.    Tang J, Li L, Huang W, Sui C, Yang Y, Lin X, Hou G, Chen X, Fu J, Yuan S, Li S, Wen W, Tang S, Cao D, Wu M, Chen L*, Wang H*. MiR-429 increases the metastatic capability of HCC via regulating classic Wnt pathway rather than epithelial-mesenchymal transition. Cancer Letters 2015;364(1):33-43

 

       2014

24.    Liang X, Li H, Li S*. A novel network pharmacology approach to analyse traditional herbal formulae: the Liu-wei-di-huang Pill as a case study. Molecular BioSystems 2014,10(5):1014-1022 [pdf]  (封面论文)

25.    Li H, Zhao L, Zhang B, Jiang Y, Wang X, Guo Y, Liu H, Li S*, Tong X*. A network pharmacology approach to determine active compounds and action mechanisms of Ge-Gen-Qin-Lian decoction for treatment of Type 2 diabetes. Evidence-based Complementary and Alternative Medicine 2014:495840 [pdf]

26.    Li S*, Fan T, Jia W, Lu A, Zhang W. Network pharmacology in traditional Chinese medicine. Evidence-based Complementary and Alternative Medicine 2014:138460 (Editorial) [pdf]

27.    Wang L, Wang Y, Hu Q, Li S*. Systematic analysis of new drug indications by drug-gene-disease coherent subnetworks. CPT: Pharmacometrics and Systems Pharmacology 2014;3:e146 [pdf]

28.    Liang X, Li H, Tian G, Li S*. Dynamic microbe and molecule networks in a mouse model of colitis-associated colorectal cancer. Scientific Reports 2014;4,4985 [pdf]

29.    Li S*, Zhang X. Tongue-coating microbiome characterized by the next-generation sequencing and traditional tongue diagnosis. Encyclopedia of Metagenomics 2014 Springer [link]

 

       2013

30.    Li R, Ma T, Gu J, Liang X, Li S*. Imbalanced network biomarkers for traditional Chinese medicine Syndrome in gastritis patients. Scientific Reports 2013;3:1543 [pdf] (Highlight Research in The 3rd Annual Translational Bioinformatics Conference)

31.    Li S*, Zhang B. Traditional Chinese medicine network pharmacology: theory, methodology and application. Chinese Journal of Natural Medicines 2013;11(2):110-120 [pdf] (Most Cited Article)

32.    Zhang B, Wang X, Li S*. An integrative platform of TCM network pharmacology and its application on an herbal formula, Qing-Luo-Yin. Evidence-based Complementary and Alternative Medicine 2013:456747 [pdf] (Explore IM报道)

33.    Zhang B, Liu L, Zhao S, Wang X, Liu L, Li S*. Vitexicarpin acts as a novel angiogenesis inhibitor and its target network. Evidence-based Complementary and Alternative Medicine 2013:278405 [pdf]

34.    Wang T, Gu J, Yuan J, Tao R, Li Y, Li S*. Inferring pathway crosstalk networks using gene set co-expression signatures. Molecular BioSystems 2013;9(7):1822-1828 [Link]

35.    Li S*, Lu L. Computational systems biology approaches for deciphering traditional Chinese medicine. Basics of Bioinformatics. Springer Berlin Heidelberg. 2013:337-368

 

       2012

36.    Jiang B, Liang X, Chen Y, Ma T, Liu L, Li J, Jiang R, Chen T, Zhang X*, Li S*. Integrating next-generation sequencing and traditional tongue diagnosis to determine tongue coating microbiome. Scientific Reports 2012;2:936 [pdf] (媒体介绍)

37.    Zhao S, Li S*. A co-module approach for elucidating drug-disease associations and revealing their molecular basis. Bioinformatics 2012;28(7):955-961 [Link]

38.    Chen Y, Gu J, Li D, Li S*. Time-course network analysis reveals TNF-alpha can promote G1/S transition of cell cycle in vascular endothelial cells. Bioinformatics 2012;28(1):1-4 [Link]

39.    Gu J*, Li S*. Towards integrative annotation of the cell-type specific gene functional and signaling map in vascular endothelial cells. Molecular BioSystems 2012;8:2041-2049 [Link]

40.    Kanawong R, Ajayi T, Ma T, Xu D, Li S*, Duan Y*. Automated tongue feature extraction for ZHENG classification in traditional Chinese medicine. Evidence-based Complementary and Alternative Medicine 2012;912852:1-14 [pdf] ScienceDaily报道

 

       2011

41.    Li S*, Zhang B, Zhang NB. Network target for screening synergistic drug combinations with application to traditional Chinese medicine. BMC Systems Biology 2011;5(S1):S10, 13pages [pdf]Faculty of 1000推荐为“Must Read”论文

42.    李梢. 网络靶标:中药方剂网络药理学研究的一个切入点.中国中药杂志 2011;36:2017-2020 [pdf] (领跑者5000论文2014年中国药学会药学期刊优秀论文)

43.    Yao X, Hao H, Li Y, Li S*. Modularity-based credible prediction of disease genes and detection of disease subtypes on the phenotype-gene heterogeneous network. BMC Systems Biology 2011;5:79 [pdf]

44.    Lu L, Li Y, Li S*. Computational identification of potential microRNA network biomarkers for the progression stages of gastric cancer. International Journal of Data Mining and Bioinformatics 2011;5:519-531 [pdf]

 

       2010

45.    Zhao S, Li S*. Network-based relating pharmacological and genomic spaces for drug target identification. PLoS ONE 2010;5(7):e11764, 10pages [pdf] Nature China研究亮点

46.    Li S*, Zhang B, Jiang D, Wei YY, Zhang NB. Herb network construction and co-module analysis for uncovering the combination rule of traditional Chinese herbal formulae. BMC Bioinformatics 2010;11(S11):S6 [pdf]

47.    Ma T, Tan C, Zhang H, Wang M, Ding W, Li S*. Bridging the gap between traditional Chinese medicine and systems biology: the connection of Cold Syndrome and NEI network. Molecular BioSystems 2010;6:613-619 [Link]

48.    Huang Y, Li S*. Detection of characteristic sub pathway network for angiogenesis based on the comprehensive pathway network. BMC Bioinformatics 2010;11(S1):S32 [pdf]

49.    Yan H, Zhang B, Li S*, Zhao Q*. A formal model for analyzing drug combination effects and its application in TNF-alpha-induced NFkappaB pathway. BMC Systems Biology 2010;4:50 [pdf]

50.    Gu J, Chen Y, Li S*, Li Y*. Identification of responsive gene modules by network-based gene clustering and extending: application to inflammation and angiogenesis. BMC Systems Biology 2010;4:47 [pdf]

51.    Li LS, Zhang NB, Li S*. Ranking effects of candidate drugs on biological process by integrating network analysis and Gene Ontology. Chinese Science Bulletin 2010;55:2974-2980 [Link]

52.    Yao BP, Li S*. ANMM4CBR: a case-based reasoning method for gene expression data classification. Algorithms for Molecular Biology 2010;5:14 [pdf]

53.    Li S, Lu A*, Wang Y. Symptomatic comparison in efficacy on patients with benign prostatic hyperplasia treated with two therapeutic approaches. Complementary Therapies in Medicine 2010;18:21-27 [Link]

54.    Wu X, Li S*. Cancer Gene Prediction Using a Network Approach. Chapter 11. Cancer Systems Biology. USA: CRC Press 2010:191-212 [Link]

 

2009

55.    Li S. Network systems underlying traditional Chinese medicine syndrome and herb formula (Invited review). Current Bioinformatics 2009;4(3):188-196 [pdf]

56.    李梢. 中医证候生物分子网络标志的构想与研究.中医杂志2009;50(9):773-776 [pdf]

57.    李梢,张宁波,李志红,丁皓,叶永安.慢性乙型肝炎患者肝胆湿热证和肝郁脾虚证的决策树诊断模型初探.中国中西医结合杂志 2009;29(11):993-996

 

       2008

58.    Wu X, Jiang R, Zhang MQ, Li S*. Network-based global inference of human disease genes. Molecular Systems Biology 2008;4:189 [pdf] Nature China“研究亮点美国医学信息学会AMIA 2009转化生物信息学峰会年度选评论文之一ISMB 2009 Highlight Track

59.    Zhang J, Ma T, Li YD, Li S*. dbNEI2.0: building multilayer network for drug-NEI-disease. Bioinformatics 2008;24:2409-2411 [pdf]

60.    Kang G, Li S*, Zhang JF. Entropy-based model for interpreting life systems in traditional Chinese medicine. Evidence-based Complementary and Alternative Medicine 2008;5(3):273-279 [pdf]

61.    Wu M, Ma C, Wu Y, Li S*. Simultaneous LC analysis of five bioactive alkaloids in an anti-angiogenesis herbal formula, Qing-Luo-Yin. Chromatographia 2008;68:579-585 [Link]

 

       2007

62.    Li S*, Zhang Z, Wu L, Zhang X, Li Y, Wang Y. Understanding ZHENG in traditional Chinese medicine in the context of neuro-endocrine-immune network. IET Systems Biology 2007;1(1):51-60 [pdf] (Most-Cited Article in IET Systems Biology)

63.    李梢. 基于生物网络调控的方剂研究模式与实践. 中西医结合学报 2007;5(5):1-5 [pdf]

64.    李梢. 中医药计算系统生物学与寒热证候研究. 世界科学技术-中医药现代化 2007;9(1):105-111 [pdf]

65.    Li S*, Fang YH. Modelling circadian rhythms of protein KaiA, KaiB and KaiC interactions in cyanobacteria. Biological Rhythm Research 2007;38(1):43-53 [Link]

 

       2006

66.    Li S*, Wu LJ, Zhang ZQ. Constructing biological networks through combined literature mining and microarray analysis: a LMMA approach. Bioinformatics 2006;22:2143-2150 [pdf]

67.    Li S*, Wang R, Zhang Y, Zhang X, Layon AJ, Li Y, Chen M. Symptom combinations associated with outcome and therapeutic effects in a cohort of cases with SARS. American Journal of Chinese Medicine 2006;34(6):937-947 [Link]

68.    Zhuang YL, Li S*, Li YD. dbNEI: a specific database for neuro-endocrine-immune interactions. Neuroendocrinology Letters 2006;27:53-59 [pdf]

69.    王琦*.朱燕波,薛禾生,李梢.中医体质量表的初步编制.中国临床康复 2006;10(3):12-14 [link]

 

       2005以前

70.    Li S*, Lu A, Li B, Wang Y. Circadian rhythms on hypothalamic-pituitary-adrenal axis hormones and cytokines of collagen induced arthritis in rats. Journal of Autoimmunity 2004;22(4):277-285 [Link]

71.    Li S*, Lu A, Wang Y, Li Y. Suppressive effects of a Chinese herbal medicine Qing-Luo-Yin extract on the angiogenesis of collagen induced arthritis in rats. American Journal of Chinese Medicine 2003;31(5):713-720 [Link]

72.    Wu LJ, Li S*. Combined literature mining and gene expression analysis for modeling neuro-endocrine-immune interactions. Lecture Notes in Computer Science 2005;3645:31-40

73.    Li S, Lu AP*, Zhang L, Li YD. Anti-Helicobacter pylori immunoglobulin G (IgG) and IgA antibody responses and the value of clinical presentations in diagnosis of H. pylori infection in patients with precancerous lesions. World Journal of Gastroenterology 2003;9:755-758

74.    李梢,王永炎,季梁,李衍达. 复杂系统意义下的中医药学及其案例研究. 系统仿真学报 2002;14(11):1429-1432 [pdf]

75.    李梢. 从维度与阶度探讨中医证候的特征及标准化方法. 北京中医药大学学报 2003;26(3):1-4 [pdf]

76.    庄永龙,李梢*,李衍达.基于控制论的中医学四时五脏系统稳态性能仿真.系统仿真学报2003,15(7):922-924,930 [pdf]

77.    李梢,张学工,季梁,李衍达.复杂性疾病生物信息学研究的策略与方法.世界华人消化杂志2003,11(10): 1465-1469

78.    李梢.中医药研究中的生物信息学. 生物技术世界 2003,12:39-40

 

发明专利、软件、数据库

1.     授权中国发明专利10项、美国发明专利1项,申请发明专利8

2.     部分专利转让成果 被评为 第二届清华大学“落地北京”优秀项目(2012

3.     计算机软件著作权:TCMNP, LMMA-Bionet, dbNEI, HerbBioMap, HerbNet等软件、数据库

 

专著或章节

1.     李梢,吴春福,张尊建,张卫东(领衔专家).网络药理学——中药现代化的新思路与新方法.中国科学技术出版社 2014

2.     张其成,李艳,李梃,李标,李梢(编著).国医双馨——国医大师李济仁、国家级非遗传人张舜华夫妇.北京科技出版社 2011

3.     李梢. 基于生物网络的中医药系统生物信息学研究.中药药理与临床研究进展-第七册.人民卫生出版社 2010: 265-290

4.     李梢(主编).中国百年百名中医临床家丛书-李济仁张舜华. 中国中医药出版社 2004

5.     李梢(副主编).国际生物信息与中医药论丛.新加坡医药卫生出版社 2004

6.     李梢(副主编).大医精要—新安医学研究.华夏出版社 1999

7.     李梢(副主编).痿病通论.人民卫生出版社 1996

8.     李梢(著).篆刻通论. 学苑出版社 1993

 

学术报告

1.       网络药理学方法探索中医药治疗肿瘤的生物学基础.2017年中医药防治肿瘤国际论坛2017.10.21上海

2.       炎症与肿瘤中医药诊疗的网络药理学研究.中国医师协会临床精准医疗专业委员会第二届精准医学高峰论坛. 2017.10.13-15成都

3.       网络药理学:基于大数据的医药研究方法与中医药现代化.湘雅医学论坛2017--医学前沿研讨会.2017.10.13-14长沙

4.       大数据时代的中医药研究探索. 北京大学前沿交叉学科研究院交叉沙龙“科学与中医的他山之石”. 2017.6.20

5.       大数据时代的网络药理学与中医药研究.世界中医药学会联合会网络药理学国际论坛暨网络药理学专业委员会第二届学术年会 2017.6.10-12 合肥

6.       从网络与系统的角度探索中医药的奥秘. 清华大学第488期博士生学术论坛 (闭幕式主题报告). 2017.5.14

7.       系统生物学、网络药理学与中医药现代化. 第一届中国系统科学大会 (“科学中的系统学问题”专题研讨). 2017.5.13 北京

8.       Traditional Chinese Medicine network pharmacology. Systems Biology for Efficacy/Toxicological Risk Assessment Workshop. Unilever (China) Investing Company 2017.4.27, Shanghai (Keynote Speech)

9.       中医药实践的现代生物学诠释——寒热证的范例. 第四届肿瘤基础和转化医学前沿国际研讨会 (“中医新释”专题讨论会). 2017.4.21-23,贵阳

10.    Network-based TCM precision medicine. The 7th International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics (CSBio2016), 19-22nd, Dec. 2016, Macau (Keynote Speech)

11.    从网络药理学的角度探讨炎-癌转化的机制.第二届中国医师协会中西医结合医师分会2016年消化病中西医联合论坛暨北上广脾胃病研究论坛 2016.12.2-3

12.    从预测到发现:大数据时代的中医药网络药理学研究. 2016年国际生物医学工程与医疗仪器学术产业大会2016.11.29

13.    中药安全性研究中的网络药理学技术.579次香山科学会议“中药安全性研究基础与方法”.2016.11.17-18

14.    Network target: a new approach towards TCM precision medicine. World Life Science Conference (WLSC2016). 2016世界生命科学大会. 中国科学技术协会、中国生命科学学会联合体共同举办. 2016,11,1-3 Beijing

15.    大数据时代的中医药研究新模式. 中国药理学会第十四次全国学术大会. 2016.10.25

16.    Development of TCM network pharmacology in the big data era. International Symposium on Clinical and Translational Medicine 2016 (ISCTM 2016), 2016国际临床和转化医学论坛. 中国工程院、中国医学科学院、美国国立卫生研究院临床研究中心主办. Shanghai. 2016.9.24-26

17.    网络药理学与大数据时代的中医药研究探索.北京中医药大学基础医学院迎60周年校庆特邀学术报告.201699

18.    网络药理学与中医药现代化.清华京津冀医疗健康大数据高峰论坛.201693,武清

19.    基于生物网络的寒热病证方研究. 中国中医科学院中医基础理论研究所“中医理论学术周”. 2016822-25

20.    网络药理学:中医药系统性研究的新方法.中国中西医结合学会第十三次学术讨论会. 201671-3

21.    网络药理学:从计算到发现的药物系统性研究方法.中国科学院数学与系统科学研究院“生物大数据与数据挖掘研讨会”. 2016625-27

22.    Network Pharmacology and Computational Modeling to Traditional Chinese Medicine Research. The State of Science Cancer Complementary and Alternative Medicine Therapeutic Research. NIH/NCI. 2016. 5.24-26, Maryland, USA (Photo)

23.    Network pharmacology: a new mode for traditional medicine research. The 16th International Congress on Ethnopharmacology (16届国际传统药物学大会), International Society for Ethnopharmacology, 2016.5.16-18, Guangxi

24.    网络药理学:药物研究新模式及其在中医药中的应用.2015北京药学年会“创新驱动发展”论坛. 20151219,北京

25.    基于网络靶标探索中药传统和现代机制.国家自然科学基金委员会医学部“中药学科优先发展战略”研讨会.20151211-13,广州

26.    网络药理学与中医药临床疗效评价.研究型中医医院建设暨临床研究关键技术高峰论坛会议. 2015126,北京

27.    网络靶标:中医药网络药理学研究的切入点.世界中医药学会联合会网络药理学专业委员会成立大会暨首届中医药网络药理学学术会议.20151120-22

28.    基于网络靶标探索中药毒效机制. 国家自然科学基金委第149期双清论坛“中药毒与效的整合分析”.2015.11.14-15,成都

29.    中药网络药理学:中医药研究的一种新方法.中国中医科学院建院六十周年国际学术发展大会 2015.11.7北京

30.    基于生物网络的中医药研究探索.泰山学术论坛2015.11.6济南

31.    网络药理学与中医药研究的探索.第一届《药学学报》药学前沿论坛2015.10.24天津

32.    Methodology and application of network pharmacology in Traditional Chinese Medicine. 2015 Grand Challenges Annual Meeting (Gates Foundation, MOST), Beijing, China 2015, Oct. 20

33.    Network target: a novel approach to decipher traditional Chinese medicine. Symposium of "Exploring Traditional Medicine", IAMP (The interacademy medical panel), 23-24 Sep. 2015, Beijing

34.    中医辨证论治在重大疾病防治中的创新发展.第十八届国家中医药发展会议(“珠江会议”).2015,7,15-16.广州

35.    Network-based analysis of traditional Chinese medicine on cancer. The Fifth International Workshop on Cancer Systems Biology (ICSB 2015). July 11-12, 2015, Changchun

36.    网络药理学与中医药精准医疗. 2015年中国-意大利国际肺癌论坛暨第三届中国西部肺癌论坛. 中国癌症基金会、意大利驻华使馆科技处、意大利驻重庆总领事馆共同主办2015.6.15-16

37.    网络药理学方法探索中药配伍机理. 530次学术讨论会“中药配伍禁忌与临床安全用药”香山科学会议. 2015.5.21-22

38.    Network pharmacology: accelerates biomarker and drug discovery from traditional Chinese medicine.第三届肿瘤基础和转化医学前沿国际研讨会.2015,4,10-12合肥

39.    网络药理学与中医药现代化探索.中国药理学会网络药理专业委员会成立大会暨首届网络药理学学术会议. 2014,12,13 (大会报告)

40.    网络药理学与中药研发新模式.中国医学科学院“中药研发新模式、新理念研讨会”.2014,9,29北京

41.    TCM network pharmacology: towards the modernization of Chinese medicine. The 13th Meeting of Consortium for Globalization of Chinese Medicine (CGCM), Bioinformatics Pre-meeting Workshop. 2014,8,26 (Special talk)

42.    大数据时代的中医药网络药理学研究.中国脑卒中大会中西医结合论坛.2014,5,17

43.    大数据背景下的网络药理学研究.“大数据与管理决策重大基础问题”第109期双清论坛.2014,3,26-27

44.    Understanding traditional Chinese medicine by a network pharmacology approach. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2013) 2013, Dec. 18-20 (Keynote Speech)

45.    网络药理学与中医药的创新发展. 中国科协第86期“新观点、新学说学术沙龙”网络药理学——中药现代化的新思路与新方法. 2013,10,20, 南京 (领衔科学家和会议主席之一)

46.    网络药理学与中医药多学科研究. 2013中国(杭州)中医药多学科研究国际学术会议.2013,10,11-14,杭州 (大会报告)

47.    网络药理学:中医研究与中药创制的新途径.第四届中医药现代化国际科技大会. 2013,9,26-27 成都

48.    Network analysis: towards evidence-based traditional Chinese medicine. 2013 International Conference on Intelligence Science and Big Data Engineering (IScIDE2013). 2013, July 31-Aug. 2. Beijing

49.    网络药理学的发展与中医药研究的创新. 第二届中医药行业热点问题暨中药战略大品种培育与研究学术研讨会. 中华中医药学会,中国中药协会.北京 2013,10,12-13 (大会报告)

50.    中医药生物标志与药效物质的网络药理学研究. 国家中医药发展论坛(“珠江论坛”)第十一届“生物标志物与中医药”学术研讨会2013,7, 27广州

51.    网络药理学、生物信息学与中医药临床疗效评价.中国中医药学会首届岐黄论坛. 2013,6,30北京

52.    中药网络药理学方法的构建与应用. 中药质量与创新药物研究高峰论坛. 2013,4,15-17.澳门

53.    Network pharmacology for discovering traditional Chinese medicine. The 2nd International Workshop of Basic and Translational Cancer Research. Hefei, 2013,1,27-29

54.    Network approaches to Translational Chinese medicine. The International Conference on Translational Biomedical Informatics. Taicang, Dec. 8-10, 2012

55.    中药方剂网络药理学:理论、方法与应用. 215期“网络药理学与中医药现代化”东方科技论坛.上海市人民政府、中国科学院、中国工程院主办,上海中医药大学承办2012,11,16

56.    Network Biology and Network Pharmacology in Traditional Chinese Medicine: theory, methodology and application. International Conference on System and Network Biology and Traditional Chinese Medicine. Adelaide, Australia, 2012,11,10-15 (Keynote Speech)

57.    中药方剂作用原理科学问题的探索与实践. 国家中医药发展论坛(“珠江论坛”)第八届学术研讨会“中药现代化发展关键问题与对策”2012,10,26-27广州

58.    Methodology & application of network pharmacology in traditional Chinese medicine. Shanghai International Conference on Traditional Chinese Medicine and Natural Medicine 2012,10,20-21

59.    中药方剂网络药理学的若干研究进展.首届全国方剂组成原理高峰论坛. 黄山, 2012,8,17-19

60.    网络药理学的方法构建及其在中医药中的应用. 中国药理学会生化与分子药理学专业委员会“网络药理学研讨会”,云南,2012,8,15-16 (大会报告)

61.    网络药理学方法与中医辨证论治研究.香港浸会大学中医药学院 2012,4,30

62.    A network pharmacology methodology and its applications in traditional Chinese medicine. 2011 International Conference of Genomics. Oct. 24, 2011

63.    A Network Pharmacology Approach to Explore the Action Mechanism of Herbal Formulae. 13th Annual Meeting of China Association for Science and Technology. International Forum on the Development of Traditional Chinese Medicine. Sep. 21-23, 2011 Tianjin

64.    网络靶标:中药方剂网络药理学的切入点. 泰山学者论坛—中医药发展论坛会议.2011.7.16-17

65.    Network-based Studies of Cancer Genes, Drugs and Traditional Chinese Medicine. International Workshop on Cancer Systems Biology (ICSB). Changchun, 2-6 July, 2011

66.    病证方复杂生物网络的系统研究.973计划中医理论专项2010年度交流会. 2011.1.16上海

67.    网络靶标在创新中药研究中的潜在优势. 2010年首都重大疾病防治科技创新高峰论坛(北京市科委、北京市卫生局) 2010,12,5

68.    Understanding the biological basis of traditional Chinese medicine and acupuncture from a network perspective. International Symposium on Acupuncture Research – Past, Present and Future. Oct. 16-18, 2010, Hefei (Keynote Speech)

69.    “网络靶标”的构想与中药方剂作用机理研究.382次香山科学会议方药量效关系研讨会.2010,10,14-15

70.    系统生物信息学与中医药的发展.379次香山科学会议中医药基础研究发展战略.2010,7, 6-8《科学时报》报道

71.    Multilayer networks underlying disease and drug. National Laboratory of Pattern Recognition, Institute of Automation, Chinese Academy of Sciences. May 14, 2010

72.    Recent Progress in Systems Bioinformatics-based TCM Research. The 4th International Symposium on Bioinformatics, Systems Biology and Traditional Chinese Medicine. Chengdu, Apr. 28-29, 2010

73.    Network-based Studies on Complex Diseases and Traditional Chinese Medicine. GlaxoSmithKline R&D China, Apr. 9, 2010

74.    中医证候的研究方法与设计学. 364次香山科学会议针刺穴位组学, 2009,12,15-17

75.    Biological network systems underlying traditional Chinese medicine. 2009 International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology in Traditional Chinese Medicine Research, The International Joint Conference on Bioinformatics, Systems Biology and Intelligent Computing (IJCBS09). Shanghai, Aug. 2009

76.    生物信息学与中医药临床效应评价.中医药临床疗效评价技术与方法医学科学前沿研讨会.中国工程院医药卫生学部、世界中医药学会联合会临床疗效评价专业委员会主办,中国工程院医药卫生学部、天津中医药大学承办.天津 2009,3,14

77.    Systems bioinformatics studies for TCM ZHENG and Fu-Fang. Nanjing International Forum of Traditional Chinese Medicine. Nanjing, Oct. 25, 2008

78.    Bioinformatics and the modernization of traditional Chinese medicine. The 9th International Conference on Signal Processing (ICSP 2008), Beijing, Oct. 26-29, 2008 (Keynote Speech)

79.    A network approach for studying TCM ZHENG and Fu Fang. International Symposium on From Structure to Systems based Drug Discovery, Beijing, Aug. 20, 2007

80.    Traditional Chinese medicine Bioinformatics and the analysis of Cold/Hot ZHENG-related network. The 2nd International Symposium on Bioinformatics, Systems Biology and TCM. Shanghai, May 2007 (Keynote Speech)

81.    Computational Systems Biology-based research for TCM. Institute of Chinese Medicine, The Chinese University of Hong Kong.2007,4,20

82.    中医寒热方证的系统生物学研究. 291次香山科学会议系统生物学与中医药的发展.北京, 2006,11,16-17

83.    Information and system: a new approach to the modernization of traditional Chinese medicine. (Co-chair). The 1st International Symposium on Bioinformatics and TCM. Chengdu, Nov. 2004 (Keynote Speech)

84.    中医药研究中的生物信息学. 中国科协第81生物信息学中的若干前沿问题探讨青年科学家论坛.北京2003,11 (中国科学技术大学出版社 2004:179-188)

85.    中医药研究与生物信息学、复杂性科学的几点思考. 中国科协第64中医药学与复杂性科学的相关性青年科学家论坛.北京2001, 10

86.    中医证候与分子网络调节机制的可能关联. 中国科学技术协会首届学术年会(1999,杭州).刊载于:周光召主编.面向21世纪的科技进步与社会经济发展,1.北京:中国科学技术出版社.1999:442

 

 

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