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Shao Li's homepage!
李 梢 教授，博士生导师 Shao Li, M.D.,
Ph.D., Professor 地址：清华大学FIT楼1-107室 邮编：100084 电话：010-62797035；传真：010-62773552 Tel: 86-10-62797035; Fax:
010-62773552 Email: shaoli@mail.tsinghua.edu.cn
1973年10月出生于安徽徽州。
学历
北京中医药大学 医学博士（1998.9－2001.7）
皖南医学院 医学硕士（继承家族医学-国家非物质文化遗产）（1995.9－1998.7）
北京中医药大学 医学学士（1990.9－1995.7）
工作经历
清华大学 教授 （2009.12至今）
清华大学 博士生导师 （2008.9至今）
清华信息科技国家实验室（筹）生物信息学研究部 副主任 （2006.2至今）
清华大学自动化系、生物信息学教育部重点实验室 副研究员 （2004.12－2009.11）
清华大学自动化系、生物信息学教育部重点实验室 讲师 （2003.8－2004.12）
清华大学自动化系、生物信息学教育部重点实验室 博士后 （2001.9－2003.8）
从事生物信息学、系统生物学与中医药现代化研究，主要包括：
病证的网络生物学基础：肿瘤、中医寒热证的生物网络研究
中药方剂网络药理学：基于网络靶标的药物发现、中药方剂作用机制
主要获奖
国家教学成果二等奖（2009）
国家科技进步二等奖（2004）
茅以升北京青年科技奖（2009）
北京市教育教学成果（高等教育）一等奖（2008）
教育部新世纪优秀人才支持计划（2007）
清华大学校先进工作者（2008）
清华大学骨干人才支持计划（2007）
清华大学班（级）主任工作优秀奖一等奖（2006）
清华大学优秀博士后（2004）
主要科研项目
1.
国家自然科学基金重点项目（2010-2013，负责人）：疾病生物分子网络的系统建模与调控机理研究
2.
国家自然科学基金面上项目（2009-2011，负责人）：基于血管新生生物网络的方剂多靶点协同作用研究
3.
国家自然科学基金委创新研究群体（2008-2010，群体成员）：复杂系统控制与信息处理中的若干关键问题研究与应用
4.
国家自然科学基金重大研究计划面上项目（2007-2009，负责人）：寒热辨证的多层次信息挖掘及相关生物分子网络
5.
863计划项目（2006-2008，负责人）：疾病相关生物网络构建分析的关键方法与技术
6.
国家科技支撑计划课题（2006-2009，负责人）：中医证候计算系统生物学方法的示范研究
7.
教育部科学技术研究重点项目（2004-2006，负责人）：细胞因子网络仿真与中药免疫调节模式研究
8.
9.
国家自然科学基金青年项目（2003-2005，负责人）：基于神经内分泌免疫网络仿真的寒热证候整体规律研究
学术兼职
清华大学生命科学学院 兼职教授
International
Journal of Functional Informatics and Personalized Medicine 编委
Evidence-Based Complementary and
Alternative Medicine 客座编辑 (the Special Issue of
“Evidence-Based ZHENG, a Traditional Chinese Medicine Syndrome”)
中国中药杂志 编委
世界科学技术-中医药现代化 编委
电子学报 编委
评审人: The Royal Society of
New Zealand, Marsden Fund；国家自然科学基金，等
审稿人: Trends in Molecular Medicine, American Journal of Gastroenterology, PLoS
ONE, Bioinformatics, BMC Systems Biology, Rheumatology, Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine, Complementary Therapies in Medicine, BMC Complementary and Alternative Medicine,
Artificial Intelligence in Medicine
…
开设课程
《生物信息学概论》，本科生课程（2007至今）
《生物信息学专题》，研究生课程（2006至今）
《生物信息学计算与实验研究》（实验室科研探究课第47教学单元），本科生课程（2007-2011）
博士生：张博、李睿、梁旭俊、祖松鹏
硕士生：赵世文、王旭、欧阳子博
校友
博士生：马涛
硕士生：吴立疆、包云泉、张宁波、黄也周、李一捷、袁珺
本科生：吴雪兵、姚邦鹏、房佑寒，等
主要论文（*：通讯作者）
代表性论文：
Wu X, Jiang R, Zhang
MQ, Li S* (2008) Network-based global inference of human disease genes. Molecular Systems Biology 4:189, pages:1-11 [pdf]
-
Nature出版社“Featured Article”；Nature China亮点报道；国际转化生物信息学峰会年度论文选评
-
Cell、Nature Reviews Genetics等论文引用@Google Scholar
Zhao SW, Li S*
(2010) Network-based relating pharmacological and genomic spaces
for drug target identification. PLoS ONE 5(7):e11764, pages:1-10 [pdf]
-
Nature Reviews Genetics、Annual Review of Pharmacology and Toxicology等论文引用@Google Scholar
Li
S*, Zhang Z, Wu L, Zhang X, Li Y,
Wang Y (2007) Understanding ZHENG in
traditional Chinese medicine in the context of neuro-endocrine-immune network. IET Systems Biology 1:51-60 [pdf]
-
Nature等论文引用@Google Scholar
-
国家《中医药计量学及其现代研究进展报告》(2009)专栏评价
Li S*, Zhang
B, Zhang NB (2011) Network target for screening synergistic drug
combinations with application to traditional Chinese medicine. BMC Systems Biology 5(S1):S10,
pages:1-13 [pdf]
-
Faculty of
1000 Medicine推荐（F1000因子=8）
Li
S*, Wu LJ, Zhang ZQ (2006) Constructing biological networks through combined literature mining and
microarray analysis: a LMMA approach. Bioinformatics
22:2143-2150 [pdf]
-
Annual Review of Plant Biology等论文引用 @Google Scholar
主要国际期刊论文(SCI):
Zhao S, Li
S*.
A
co-module approach for elucidating drug-disease associations and revealing
their molecular basis.
Bioinformatics 2012 (Accepted)
Chen Y, Gu J, Li D, Li S*. Time-course
network analysis reveals TNF-alpha can promote G1/S transition of cell cycle in
vascular endothelial cells.
Bioinformatics 2012;28(1):1-4 [Full text]
Li S*, Zhang B, Zhang NB. Network target for
screening synergistic drug combinations with application to traditional Chinese
medicine.
BMC Systems Biology 2011;5(S1):S10, pages:1-13 [pdf]
BMC
Systems Biology
2011;5:79, pages:1-11 [pdf]
Lu L, Li Y, Li S*. Computational
identification of potential microRNA network biomarkers for the progression
stages of gastric cancer.
International Journal of Data Mining and
Bioinformatics
2011;5:519-531 [pdf]
Li
S*, Zhang B, Jiang D, Wei YY,
BMC Bioinformatics 2010;11(S11):S6,
pages:1-12 [pdf]
Zhao S, Li S*. Network-based relating
pharmacological and genomic spaces for drug target identification.
PLoS ONE 2010;5(7):e11764, pages:1-10 [pdf]
Yan H, Zhang B, Li S*,
Zhao Q*. A formal model for analyzing drug combination effects and
its application in TNF-alpha-induced NFkappaB pathway.
BMC Systems Biology 2010;4:50, pages:1-12 [pdf]
Ma T, Tan C, Zhang H, Wang M, Ding W, Li S*. Bridging the gap between traditional Chinese medicine and systems biology:
the connection of Cold Syndrome and NEI network.
Molecular BioSystems 2010;6:613-619 [Link]（美国物理联合会、美国物理学会Virtual Journal of Biological Physics Research转载）
Gu J, Chen Y, Li S*, Li Y*. Identification of responsive gene
modules by network-based gene clustering and extending: application to
inflammation and angiogenesis.
BMC Systems Biology 2010;4:47, pages:1-18 [pdf]
Huang Y, Li S*.
Detection of characteristic sub pathway network for angiogenesis based on the
comprehensive pathway network.
BMC Bioinformatics 2010;11(S1):S32, pages:1-9 [pdf]
Li LS, Zhang NB, Li S*. Ranking effects of candidate drugs on biological process by integrating
network analysis and Gene Ontology.
Chinese Science Bulletin 2010;55:2974-2980 [Link]
Algorithms for Molecular Biology 2010;5:14, pages:1-11 [pdf]
Li S, Lu A*, Wang Y. Symptomatic
comparison in efficacy on patients with benign prostatic hyperplasia treated
with two therapeutic approaches.
Complementary
Therapies in Medicine 2010;18:21-27 [Link]
Li S. Network systems
underlying traditional Chinese medicine syndrome and herb formula.
Current Bioinformatics 2009;4(3):188-196 [pdf]
Wu X, Jiang R, Zhang MQ, Li S*.
Network-based global inference of human disease genes.
Molecular Systems Biology 2008;4:189, pages:1-11 [pdf]
Zhang J, Ma T, Li YD, Li S*. dbNEI2.0: building multilayer network for drug-NEI-disease.
Bioinformatics 2008;24:2409-2411 [pdf]（美国国立卫生研究院(NIH)计算分子生物学网站介绍）
Kang G, Li S*, Zhang JF. Entropy-based model for interpreting life systems in traditional Chinese
medicine.
Evidence-based Complementary and Alternative
Medicine 2008;5(3):273-279 [pdf]
Wu M, Ma C, Wu Y, Li S*. Simultaneous LC analysis of five bioactive alkaloids in an
anti-angiogenesis herbal formula, Qing-Luo-Yin.
Chromatographia 2008;68:579-585 [Link]
Li S*, Zhang Z, Wu L, Zhang X, Li Y, Wang Y. Understanding ZHENG in traditional Chinese medicine in the context of
neuro-endocrine-immune network.
IET Systems Biology 2007;1(1):51-60 [Link]
Li S*, Fang YH. Modelling
circadian rhythms of protein KaiA, KaiB and KaiC interactions in cyanobacteria.
Biological Rhythm Research 2007;38(1):43-53 [Link]
Li S*, Wu LJ, Zhang
ZQ. Constructing biological networks through combined
literature mining and microarray analysis: a LMMA approach.
Bioinformatics 2006;22:2143-2150 [pdf]
Li S*, Wang R, Zhang Y, Zhang X, Layon AJ, Li Y, Chen M. Symptom combinations associated with outcome and therapeutic effects in a
cohort of cases with SARS.
American Journal of Chinese Medicine 2006;34(6):937-947 [Link]
Zhuang YL, Li S*, Li YD. dbNEI:
a specific database for neuro-endocrine-immune interactions.
Neuroendocrinology Letters 2006;27:53-59 [pdf]
Li S*, Lu A, Li B, Wang Y. Circadian
rhythms on hypothalamic-pituitary-adrenal axis hormones and cytokines of
collagen induced arthritis in rats.
Journal of Autoimmunity 2004;22(4):277-285 [Link]
Li S, Lu AP*,
Zhang L, Li YD. Anti-Helicobacter pylori
immunoglobulin G (IgG) and IgA antibody responses and the value of clinical
presentations in diagnosis of H. pylori infection in patients with
precancerous lesions.
World Journal of Gastroenterology 2003;9:755-758
Li S*, Lu A, Wang Y, Li Y. Suppressive
effects of a Chinese herbal medicine Qing-Luo-Yin extract on the angiogenesis
of collagen induced arthritis in rats.
American Journal of Chinese Medicine 2003;31(5):713-720 [Link]
部分国内期刊、国际会议论文或摘要:
1.
李梢. 网络靶标：中药方剂网络药理学研究的一个切入点.中国中药杂志 2011;36:2017-2020 [pdf]
2.
李梢. 中医证候生物分子网络标志的构想与研究.中医杂志2009;50(9):773-776 [pdf]
3.
李梢,张宁波,李志红,丁皓,叶永安. 慢性乙型肝炎患者肝胆湿热证和肝郁脾虚证的决策树诊断模型初探.中国中西医结合杂志
2009;29(11):993-996
4.
李梢. 中医药计算系统生物学与寒热证候研究. 世界科学技术-中医药现代化 2007;9(1):105-111 [pdf]
5.
李梢. 基于生物网络调控的方剂研究模式与实践. 中西医结合学报 2007;5(5):1-5 [pdf]
6.
Wu X, Zhang MQ, Li S*. Global inference of human phenotype-genotype
associations by integrating interactome, phenome and diseasome (Extended
Abstract). Proceedings of the 8th International Conference on Systems
Biology (ICSB 2007),
7.
王琦,朱燕波,薛禾生,李梢.中医体质量表的初步编制.中国临床康复 2006,10(3):12-14
8.
李梢. 从维度与阶度探讨中医证候的特征及标准化方法. 北京中医药大学学报 2003;26(3):1-4 [pdf]
9.
庄永龙,李梢*,李衍达. 基于控制论的中医学四时五脏系统稳态性能仿真. 系统仿真学报 2003;15(7):922-930
10.
李梢,王永炎,季梁,李衍达. 复杂系统意义下的中医药学及其案例研究. 系统仿真学报 2002;14(11):1429-1432 [pdf]
11.
Li
S, Lu A, Jia H.
Therapeutic actions of the Chinese herbal formulae with Cold and Heat
properties and their effects on ultrastructures of synoviocytes in rats of the
collagen-induced arthritis. Journal of Traditional Chinese Medicine
2002,22(4):290-296
12.
Li
S. Advances in TCM
symptomatology of rheumatoid arthritis. Journal of Traditional Chinese
Medicine 2002,22(2):137-142
13.
Li
S, Hu Y, Wang Y, Lu A. The
effects of Cold and Heat property herbal formula on collagen induced arthritis
in rats (Poster). Proceedings of the 2nd International
Scientific Conference on Complementary, Alternative & Integrative Medical
Research, Sponsored by NIH and
14.
李梢.中医证候与分子网络调节机制的可能关联. 中国科学技术协会首届学术年会(1999年,杭州).刊载于:周光召主编.面向21世纪的科技进步与社会经济发展,第1版.北京:中国科学技术出版社.1999:442
发明专利
1.
Li S, Zhang NB, Zhang B. Method of Network-Based Identification of Multicomponent Synergy and
Compositions for Use as Effective Component of Anti-Angiogenesis Medicines. 授权美国发明专利. 专利号：US Patent: 12/436,844 (“清华映像”报道)
2.
李梢,赵世文. 基于蛋白质网络的药物靶标确定和/或药物功能确定方法.申请中国发明专利、PCT专利.申请号：201010218468.X
3.
李梢,张宁波,张博. 基于基因网络的药物组合协同作用确定方法.授权中国发明专利. ZL200810239284.4
4.
李梢,吴敏.一种具有抗血管新生协同作用的中药有效成分组合.授权中国发明专利. 专利号：ZL200610114226.X
软件、数据库
CIPHER (References:
Wu et
al., Molecular Systems Biology 2008; Wu et al., ICSB 2007; Wu
& Li, Cancer Systems Biology 2010)
dbNEI (References:
Zhang et
al., Bioinformatics 2008; Zhuang et al., Neuroendocrinology Letters 2006)
专著或章节
1.
张其成,李艳,李梃,李标,李梢(编著).国医双馨-国医大师李济仁、国家级非遗传人张舜华夫妇.北京科技出版社，2011
2.
Xuebing Wu & Shao Li. Cancer
Gene Prediction Using a Network Approach. Chapter 11. Cancer Systems
Biology (Ed. Edwin Wang). Series: Chapman & Hall/CRC Mathematical &
Computational Biology, USA: CRC Press 2010: 191-212 [Link]
3. 李梢. 基于生物网络的中医药系统生物信息学研究.《中药药理与临床研究进展-第七册》.人民卫生出版社 2010: 265-290
4.
李梢（主编）.《中国百年百名中医临床家丛书－李济仁张舜华》. 中国中医药出版社 2004
5. 李梢（副主编）.《国际生物信息与中医药论丛》.新加坡医药卫生出版社 2004
6. 李梢（副主编）.《大医精要—新安医学研究》.华夏出版社 1999
7. 李梢（副主编）.《痿病通论》.人民卫生出版社
1996
8.
李梢（著）.《篆刻通论》. 学苑出版社 1993
特邀与专题报告
1.
网络药理学在中药方剂研究中的应用(大会报告).北京药理学会、北京生理科学会2011年学术年会. 2011年12月3日
2.
网络靶标：探索中药方剂研究新途径(大会报告).《中国中药杂志》第十届编委会暨中药新产品创制与产业化发展战略研讨高端论坛.2011年11月25～27日,杭州
3.
A
network pharmacology methodology and its applications in traditional Chinese
medicine (Invited talk). 2011
International Conference of Genomics. Oct. 24, 2011
4.
网络药理学与中药方剂研究新模式. 龙江中医讲坛. 黑龙江中医药大学2011,10,14
5.
Network
approaches to bridge the gap between traditional Chinese medicine and systems
biology (Keynote Speech). TCM-driven systems biology, personalised
medicine and healthcare IT. Sep 27, 2011, Tsinghua U
6.
A
Network Pharmacology Approach to Explore the Action Mechanism of Herbal
Formulae (Invited talk). 13th
Annual Meeting of China Association for Science and Technology. International
Forum on the Development of Traditional Chinese Medicine. Sep. 21-23, 2011
Tianjin
7.
网络靶标方法与中药方剂研究. 中国医学科学院药用植物研究所邀请报告.2011,9,20
8.
网络靶标：中药方剂网络药理学的切入点. 泰山学者论坛—中医药发展论坛会议.2011.7.16-17
9.
Network-based
Studies of Cancer Genes, Drugs and Traditional Chinese Medicine (Invited talk). International Workshop on Cancer
Systems Biology (ICSB)
10. 网络靶标与中药方剂网络药理学研究.中国中医科学院中药研究所网络药理学系列学术报告(一).2011.6.17北京
11. 病证方复杂生物网络的系统研究.973计划中医理论专项2010年度交流会. 2011.1.16上海
12. 生物信息学在转化医学中的探索(专题报告,共同主席). 中国科学技术协会青年科学家论坛第228次活动“信息在转化医学中的应用”. 2010,12,11
13. 网络靶标在创新中药研究中的潜在优势. 2010年首都重大疾病防治科技创新高峰论坛(北京市科委、北京市卫生局)
2010,12,5
14. 病证的生物网络与方药的网络靶标.中国药科大学“药学名家”第四期讲座.2010,11,26
15. 疾病与药物相关生物网络研究.北京大学医学部邀请报告.2010,11,19
16. 病证方复杂生物网络的基础研究(专题报告).“中医药现代化与标准化高峰论坛”.世界科学技术-中医药现代化编委会、湖南中医药大学共同举办.长沙,2010.10.28-30
17. Understanding the
biological basis of traditional Chinese medicine and acupuncture from
a network perspective (Plenary Presentation). International Symposium
on Acupuncture Research – Past, Present and Future. Oct. 16-18, 2010,
18. “网络靶标”的构想与中药方剂作用机理研究(专题评述报告).第382次香山科学会议“方药量效关系研讨会”.2010,10,14-15 (《中国中医药报》报道；《大公报》等转载)
19. 系统生物信息学与中医药的发展 (专题评述报告).第379次香山科学会议 “中医药基础研究发展战略”.2010,7, 6-8（《科学时报》专题报道）
20. Multilayer networks
underlying disease and drug (Invited
talk). National Laboratory of Pattern Recognition,
21.
Recent Progress in Systems Bioinformatics-based TCM
Research (Invited
talk). The 4th International Symposium on
Bioinformatics, Systems Biology and Traditional Chinese Medicine.
22. Network-based Studies on Complex Diseases
and Traditional Chinese Medicine (Invited talk). GlaxoSmithKline
R&D China, Apr. 9, 2010
23. 中医证候的研究方法与设计学 (专题评述报告). 第364次香山科学会议“针刺穴位组学”, 2009,12,15-17
24. 证候与方剂的生物网络研究 (主题报告,共同主席). 中国科协第209次“证候与方剂的系统复杂性科学问题研究的思考”青年科学家论坛2009,12,19-20
25. Biological network systems underlying
traditional Chinese medicine (Invited talk). 2009 International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology in
Traditional Chinese Medicine Research, The International Joint Conference on
Bioinformatics, Systems Biology and Intelligent Computing (IJCBS09).
Shanghai, Aug. 2009
26. 生物信息学与中医药临床效应评价 (特邀报告). “中医药临床疗效评价技术与方法”医学科学前沿研讨会.中国工程院医药卫生学部、世界中医药学会联合会临床疗效评价专业委员会主办，中国工程院医药卫生学部、天津中医药大学承办.天津 2009,3,14
27. Bioinformatics and the modernization of
traditional Chinese medicine (Keynote speech). The 9th International
Conference on Signal Processing (ICSP 2008),
28. Systems bioinformatics studies for TCM
ZHENG and Fu-Fang (Invited talk).
29. 中医药系统生物信息学的若干研究 (特邀报告).第八届系统控制前沿科学问题研讨会-系统生物学, 中国科学院系统科学研究所2008,12,12-13
30. A network approach for studying TCM ZHENG
and Fu Fang (Invited talk). International Symposium on From
Structure to Systems based Drug Discovery,
31. Traditional Chinese medicine Bioinformatics
and the analysis of Cold/Hot ZHENG-related network (Keynote speech). The
2nd International Symposium on Bioinformatics, Systems Biology and TCM. Shanghai, May 2007
32. Computational Systems Biology-based
research for TCM (Invited talk).
33. 中医寒热方证的系统生物学研究 (专题评述报告). 第291次香山科学会议“系统生物学与中医药的发展”.北京,
2006,11,16-17
34. Information and system: a new approach to
the modernization of traditional Chinese medicine (Keynote speech, Co-chair). The
1st International Symposium on Bioinformatics and TCM.
35. 中医药研究中的生物信息学. 中国科协第81次“生物信息学中的若干前沿问题探讨”青年科学家论坛.北京2003,11 (中国科学技术大学出版社 2004:179-188)
36. 中医药研究与生物信息学、复杂性科学的几点思考. 中国科协第64次“中医药学与复杂性科学的相关性”青年科学家论坛.北京2001, 10