汪小我 清华大学自动化系 清华信息科学与技术国家实验室（筹）生物信息学部 生物信息学教育部重点实验室 (实验室主页链接) 通讯地址：北京清华大学 FIT 1-107室 邮编：100084 电话： 010-62794294 转808 Email: xwwangtsinghua.edu.cn

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个人简历：

• 2008.7 - 今 清华大学自动化系，讲师
• 2007.9 - 2008.3 美国冷泉港实验室，国家公派联合培养博士生，合作导师：Michael Q. Zhang 教授
• 2003.9 - 2008.7 清华大学自动化系，生物信息学方向博士研究生，导师：李衍达 教授
• 1999.9 - 2003.7 清华大学自动化系，获自动化专业工学学士学位

研究方向：

主要从事生物信息学与系统生物学方面的研究，包括：

• 微小RNA（microRNA）的识别、进化模式分析及转录调控研究。
• 基因表达调控网络分析
• 表观遗传学研究
• 高通量测序数据的分析与算法开发

开设课程

• 计算分子生物学引论（研究生， 2009秋-）

主要学术论文：

• Likun Wang, Zhixing Feng, Xi Wang, Xiaowo Wang*, Xuegong Zhang*, DEGseq: an R package for identifying differentially expressed genes from RNA-seq data, Bioinformatics, 26(1):136-138 2010 (*co-corresponding Author)
• Xiaowo Wang, Zhenyu Xuan, Xiaoyue Zhao, Yanda Li, Michael Q. Zhang, High-resolution human core-promoter prediction with CoreBoost_HM, Genome Research, 19(2):266-75, 2009
• Xiaowo Wang , Jin Gu, Michael Q. Zhang and Yanda Li., Identification of phylogenetically conserved microRNA cis-regulatory elements across 12 Drosophila species, Bioinformatics, 15;24(2):165-71,2008
• Tao Peng, Chenghai Xue, Jianning Bi, Tingting Li, Xiaowo Wang, Xuegong Zhang and Yanda Li, Functional importance of different patterns of correlation between adjacent cassette exons in human and mouse, BMC Genomics, 26;9:191, 2008
• Xiaowo Wang , Xuegong Zhang, Yanda Li, Complicated evolutionary patterns of miRNAs in vertebrates, Sci China Ser C-Life Sci, 51(6):552-9 2008
• 汪小我，张学工，李衍达，脊椎动物中微小RNA进化模式研究, 中国科学C辑：生命科学，2008, 38(4):348-355
• Jian Huang, Pei Hao, Yun-Li Zhang, Fu-Xing Deng, Qing Deng, Yi Hong, Xiaowo Wang, Yun Wang, Ting-Ting Li, Xue-Gong Zhang, Yi-Xue Li, Peng-Yuan Yang, Hong-Yang Wang and Ze-Guang Han. Discovering multiple transcripts of human hepatocytes using massively parallel signature sequencing (MPSS), BMC Genomics, 8:207,2007
• Jin Gu, Tao He, Yunfei Pei, Fei Li, Xiaowo Wang, Jing Zhang, Xuegong Zhang and Yanda Li, Primary Transcripts and Expressions of Mammal Intergenic MicroRNAs Detected by Mapping ESTs to Their Flanking Sequences. Mamm Genome, 17(10):1033-1041, 2007
• Xiaowo Wang , Jin Gu, Michael Q. Zhang and Yanda Li., Identification of Drosophila microRNA cis-regulatory elements by phylogenetic footprinting, Genome Informatics 2007, pp110 CSHL, NY, United States
• Xiaowo Wang, Yanda Li, The active evolution of microRNAs, NSF Sponsored International Conference on Bioinformatics, June 11-14, 2007, Hang Zhou, China
• Xiaowo Wang, Jing Zhang, Fei Li , Jin Gu , Tao He , Xuegong Zhang and Yanda Li, MicroRNA identification based on sequence and structure alignment. Bioinformatics, 21 (18): 3610-4, 2005
• 汪小我, 张静,李衍达,刁茜, 基于分布估计算法的motif识别方法, 2005中国计算机大会, pp308, 2005

生物信息学软件：

• DEGseq从RNA-seq数据中寻找差异表达基因的R软件包。
• CoreBoost_HM 在线的人类基因Pol II 启动子预测程序，综合利用了DNA序列信息及组蛋白修饰信息，提供高分辨率的预测结果。
• 基于多基因组比较的调控元件识别方法
• miRAlign 在线的miRNA同源基因识别软件