张学工 博士

模式识别与生物信息学 教授

清华信息科学与技术国家实验室(筹)

生物信息学部主任

合成与系统生物学研究中心常务副主任

生物信息学教育部重点实验室副主任

北京100084 清华大学自动化系

FIT1-107 

电话:86-10-6279491962795578 ext. 888

传真:86-10-62773552

电子邮件:zhangxg@tsinghua.edu.cn

 

English Version 

 

 

《模式识别》(第三版)勘误下载

 

 

招聘生物信息学或模式识别方向研究生和博士后,

欢迎信息类、数理类、生物类、基础医学类各专业背景同学申请。

 

最近更新:2013年4月23

 

 

研究方向

生物信息学、计算分子生物学与系统生物学:

组学数据分析:新一代测序(NGS)数据分析,基因表达数据挖掘,生物数据的监督与非监督分类及特征选择,高通量生物数据可视化

基因转录与调控:转录调控,选择性剪接调控,表观遗传学调控,非编码RNA调控,基因调控系统分析

疾病基因组学:复杂疾病的计算系统生物学分析

宏基因组学与宏转录组学分析:自然和人体环境微生物群落的宏基因组学和宏转录组学数据处理与功能分析

机器学习与模式识别的理论、方法与应用

                                   

 

学历

19943月于清华大学获模式识别与智能系统专业工学博士学位

19897月于清华大学获工业自动化专业工学学士学位

 

工作经历

2003 – 今  清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学部主任

2010 -    清华信息科学与技术国家实验室(筹)合成与系统生物学研究中心常务副主任

2002 – 今  清华大学自动化系 模式识别与生物信息学 教授

2002 – 今  清华大学生物信息学教育部重点实验室 副主任

2007.3 - 4   南加州大学分子与计算生物学系访问学者

2006.2 -   哈佛大学公共卫生学院访问科学家

2001 – 2002 哈佛大学公共卫生学院生物统计系高级访问学者

1999 – 2007 清华大学自动化系信息处理研究所 所长

1996 – 2002 清华大学自动化系 模式识别理论及应用 副教授

1994 – 1996 清华大学自动化系 讲师

 

开设课程

计算分子生物学引论(研究生,2002-

统计学习理论导论(研究生,2000秋,2002-

科学规范与表达(研究生,2005-2007夏,2013-

模式识别基础(本科生,1998-,国家级精品课)

 

曾获奖励

2009年国家教学成果二等奖

2008年北京市教学成果一等奖

2006年国家杰出青年基金

2004年教育部新世纪优秀人才支持计划

2002年国家科技进步二等奖 

2001年中国海洋石油总公司科技进步一等奖

1995年国家教委科技进步二等奖

 

在读学生与博士后

 

博士生:周雪崖、冯智星、曾丰(与江瑞合作指导)、叶超、徐启丰、秦志毅、崔鸿飞、冯会娟、杨倩、吕周延(与江瑞合作指导)、Aziz Khan

硕士生:马鑫云、Xavier Roge、李俊锋、李映雪、王东方(与古槿合作指导)

博士后:

 

校友

博士生:王曦、马涛(与李梢合作指导)、武征鹏、裴云飞、李婷婷、凡时财、吕雪松、张朝林、阎辉、许建华、Benoit Valin、叶铮

硕士生:李瑞娟、姜白、孟璐、刘莹、蒋博、李俊、方芳、敖江昵、马熹、张晶、刘沭华、吴君文、柯海昕、吴翔、李岩、寇真真、马云潜

合作博士后:裴云飞、吴超、薛成海、汪莉、李飞、章珂、熊高君、冯太林、陆文凯

 

                                   

 

主要学术论文

 

2013

Zhixing Feng, Gang Fang, Jonas Korlach, Tyson Clark, Khai Luong, Xuegong Zhang, Wing Wong, Eric Schadt, Detecting DNA modification from SMRT sequencing data by modeling sequence context dependence of polymerase kinetic, PLoS Computational Biology, 9(3): e1002935, March 2013 

Weichen Wang, Zhiyi Qin, Zhixing Feng, Xi Wang, Xuegong Zhang, Identifying differentially spliced genes from two groups of RNA-seq samples, GENE, 518: 164-170, 2013

Ali Nowrouze, Wing T. Cheung, Tingting Li, Xuegong Zhang, Anne Arens, Anna Paruzynski, Simon N. Waddington, Emma Osejindu, Safia Reja, Christof von Kalle, Yoahe Wang, Faisal Al-Allaf, Lisa Gregory, Matthew Themis, Maxine Holder, Niraja Dighe, Alaine Ruthe, Suzanne MK Buckley, Brian Bigger, Eugenio Montini, Adrian J. Thrasher, Robert Andrews, Terry P. Roberts, Robert F. Newbold, Charles Coutelle, Manfred Schmidt, Mike Themis, The fetal mouse is a sensitive genotoxicity model that exposes lentiviral-associated mutagenesis resulting in liver oncogenesis, Molecular Therapy, 21: 324-337, Feb. 2013

 

2012

Bai Jiang, Kai Song, Jie Ren, Minghua Deng, Fengzhu Sun, Xuegong Zhang, Comparison of metagenomic samples using sequence signatures, BMC Genomics, 13: 730, 2012

Bai Jiang, Xujun Liang, Yang Chen, Tao Ma, Liyang Liu, Junfeng Li, Rui Jiang, Ting Chen, Xuegong Zhang, Shao Li, Integrating next-generation sequencing and traditional tongue diagnosis to determine tongue coating microbiome, Scientific Reports, 2: 936, 2012

Huijuan Feng, Zhiyi Qin, Xuegong Zhang, Opportunities and methods for studying alternative splicing in cancer with RNA-Seq, Cancer Letters, doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.canlet.2012.11.010, 2012

Chao Wu, Jun Zhu, Xuegong Zhang, Inegrating gene expression and protein-protein interaction network to prioritize cancer-associated genes, BMC Bioinformatics, 13: 182, 2012

Tingting Li, Yipeng Du, Likun Wang, Lei Huang, Wenlin Li, Ming Lu, Xuegong Zhang, Wei-Guo Zhu, Characterization and prediction of lysine(k)-acetyl-transferase specific acetylation sites, Molecular & Cellular Proteomics, 11(1): M111.011080, Jan 2012

 

2011

Xi Wang, Xuegong Zhang, Pinpointing Transcription Factor Binding Sites from ChIP-seq Data with SeqSite, BMC Systems Biology, 5(Suppl 2): S3, 2011

周雪崖,张学工,基于拷贝数变异的遗传关联研究,《科学通报》,56(6): 370-382, 2011

Chao Ye, Linxi Liu, Xi Wang, Xuegong Zhang, Observations on potential novel transcripts from RNA-Seq data, Front. Electr. Electron. Eng. China,6(2): 275-282, 2011

Weichen Wang & Xuegong Zhang, Network-based group variable selection for detecting expression quantitative trait loci (eQTL), BMC Bioinformatics, 12: 269, 2011

N. Kato et al, Meta-analysis of genome-wide association studies identifies five novel variants associated with blood pressure in east Asians, Nature Genetics, 43(6): 531-538, 2011

Chao Ye, Ying Liu, Xuegong Zhang, Observations on shifted cumulative regulation, Genome Biology, 12:404, 2011

Likun Wang, Xiaowo Wang, Xi Wang, Yanchun Liang, Xuegong Zhang, Observations on novel splice junctions from RNA sequencing data, Biochemical and Biophysical Research Communications, 409: 299-303, 2011

Lu Meng, Fengzhu Sun, Xuegong Zhang, Michael S. Waterman, Sequence alignment as hypothesis testing, Journal of Computational Biology, 18(5): 677-691, May 2011

Zhengpeng Wu, Xi Wang, Xuegong Zhang, Using non-uniform read distribution models to improve isoform expression inference in RNA-Seq, Bioinformatics, 27(4): 502-508, 2011

 

2010

Xi Wang, Zhengpeng Wu, Xuegong Zhang, Isoform abundance inference provides a more accurate estimation of gene expression levels in RNA-seq, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 8(Suppl.1): 177-192, 2010

Ting Zhang, Xuegong Zhang, Zhirong Sun, Identifying changed protein-protein interactions in biological processes by gene coexpression analysis, Chinese Science Bulletin, 55(14): 1396-1402, 2010

王曦、汪小我、王立坤、冯智星、张学工,新一代高通量RNA测序数据的处理与分析,《生物化学与生物物理进展》,37(8): 834-846, 2010

The MAQC Consortium, The MAQC-II project: a comprehensive study of common practices for the development and validation of microarray-based predictive models, Nature Biotechnology, 28(8): 827-841, 2010

Likun Wang, Zhixing Feng, Xi Wang, Xiaowo Wang, Xuegong Zhang, DEGseq: an R package for identifying differentially expressed genes from RNA-seq data, Bioinformatics, 26(1): 136-138, 2010

PEI YunFei, WANG ZhiMin, Fei Fei, SHAO ZhiMing, HUANG Wei, ZHANG XueGong. Bioinformatics study indicates possible microRNA-regulated pathways in the differentiation of breast cancer, Chinese Science Bulletin, 55(10): 927-93, 2010

Tingting Li, Bingbing Wan, Jian Huang, Xuegong Zhang, Comparison of gene expression in hepatocellular carcinoma, liver development and liver regeneration, Mol Genet Genomics, 283: 485-492, 2010

 

2009

Ying Liu, Bo Jiang, Xuegong Zhang, Gene set analysis identifies master transcription factors in developmental courses, Genomics, 94: 1-10, 2009 (cover story)

Tingting Li, Jian Huang, Ying Jiang, Yan Zeng, Fuchu He, Michael Q. Zhang, Zeguang Han, Xuegong Zhang, Multi-stage analysis of gene expression and transcription regulation in C57/B6 mouse liver development, Genomics, 93: 235-242, 2009

Shicai Fan, Xuegong Zhang, CpG island methylation pattern in different human tissues and its correlation with gene expression, BBRC, 383(2009): 421-425

Yunfei Pei, Ting Zhang, Victor Renault, Xuegong Zhang, An overview of hepatocellular carcinoma study by omics-based methods, Acta Biochimica et Biophysica Sinica, 41(1): 1-15, 2009

YunfeiPei, Xi Wang, Xuegong Zhang, Predicting the fate of microRNA target genes based on sequence features, Journal of Theoretical Biology, 261: 17-22, 2009

凡时财,张学工DNA甲基化的生物信息学研究进展《生物化学与生物物理进展》,36(2): 143-150, 2009

Michael Q. Zhang, Michael S. Waterman, Xuegong Zhang, Introduction: the seventh Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2009), BMC Bioinformatics, 10(Suppl 1): S1, 2009

Li Zhu, Wanwan Tang, Guisen Li, Jicheng Lv, Jiaxiang Ding, Lei Yu, Minghui Zhao, Yanda Li, Xuegong Zhang, Yan Shen, Hong Zhang, Haiyan Wang, Interaction between variants of two glycosyltransferase genes in IgA nephropathy, Kidney International, 76: 190-198, 2009 

 

2008

Bo Jiang, Xuegong Zhang, Tianxi Cai, Estimating the confidence interval for prediction errors of support vector machine classifiers, Journal of Machine Learning Research, 9(March): 521-540, 2008

Xuesong Lu, Xin Lu, Zhigang C. Wang, J. Dirk Iglehart, Xuegong Zhang and Andrea L. Richardson, Predicting features of breast cancer with gene expression patterns, Breast Cancer Research and Treatment, 108(2): 191-201, March 2008 (published online: May, 2007)  (4.671)

Tingting Li, Fei Li, Xuegong Zhang, Prediction of kinase-specific phosphorylation sites with sequence features by a log-odds ratio approach, Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 70: 404-414, 2008

李婷婷,蒋博,汪小我,张学工,转录因子结合位点的计算分析方法,《生物物理学报》,24(5): 334-346, 2008

Ujjwal Maulik, Anirban Mukhopadhyay, Sanghamitra Bandyopadhyay, Xuegong Zhang, Michael Zhang, Multiobjective fuzzy biclustering in microarray data: method and a new performance measure, IEEE Congress on Evolutionary Computation 2008 (CEC2008), pp. 1536-1543, June 1-6, 2008

Shicai Fan, Michael Q. Zhang, Xuegong Zhang, Histone methylation marks play important roles in predicting the methylation status of CpG islands, Biochemical and Biophysical Research Communications,374: 559-564, 2008

Tao Peng, Chenghai Xue, Jianning Bi, Tingting Li, Xiaowo Wang, Xuegong Zhang and Yanda Li, Functional importance of different patterns of correlation between adjacent cassette exons in human and mouse, BMC Genomics, 9: 191, 2008

Xiaowo Wang, Xuegong Zhang, Yanda Li, Complicated evolutionary patterns of microRNAs in Vertebrates, Science in China, 51(6):552-9, 2008

 

2007

Yonghong Peng, Xuegong Zhang, Guest Editorial: Integrative data mining in systems biology: from text to network mining, Artificial Intelligence in Medicine, 41(2): 83-86, 2007 

Tingting Li, Hu Fu, and Xuegong Zhang, Prediction of kinase-specific phosphorylation sites by one-class SVMs, Proceedings of 2007 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM2007), pp. 217-222, 2007

Xi Wang, Sanghamitra Bandyopadhyay, Zhenyu Xuan, Xiaoyue Zhao, Michael Q. Zhang, Xuegong Zhang, Prediction of transcription start site based on feature selection using AMOSA, CSB2007 Conference Proceedings, volume 6, pp.183-193, San Diego, Aug 13-17, 2007

Bo Jiang, Michael Q. Zhang, Xuegong Zhang, OSCAR: one-class SVM for accurate recognition of cis-elements, Bioinformatics, 23(5): 531-537, 2007

Shicai Fan, Fang Fang, Xuegong Zhang, Michael Q. Zhang, Putative zinc finger protein binding sites are enriched in the boundaries of methylation-resistant CpG islands in the human genome, PLoS ONE, 2(11): e1184, 2007

Jin Gu, Hu Fu, Xuegong Zhang, Yanda Li, Identifications of conserved 7-mers in the 3’-UTRs and microRNAs in Drosophila, BMC Bioinformatics, 8:432, 2007

S Li, ZQ Zhang, LJ Wu, XG Zhang, YD Li, YY Wang Understanding ZHENG in Traditional Chinese Medicine in the context of neuro-endocrine-immune network, IEESystems Biology, 1(1): 51-60, 2007

Jing Zhang, Bo Jiang, Ming Li, John Tromp, Xuegong Zhang and Michael Q. Zhang, Computing exact P-values for DNA motifs, Bioinformatics, 23(5): 531-537, 2007  

Jian Huang, Pei Hao, Yun-Li Zhang, Fu-Xing Deng, Qing Deng, Yi Hong, Xiao-Wo Wang, Yun Wang, Ting-Ting Li, Xue-Gong Zhang, Yi-Xue Li, Pen-Yuan Yang, Hong-Yang Wang, Ze-Guang Han, Discovering multiple transcripts of human hepatocytes using massively parallel signature sequencing (MPSS), BMC Genomics, 8: 207, 2007

Chaolin Zhang, Xuegong Zhang, Michael Q. Zhang, Yanda Li, Neighbor number, valley seeking and clustering, Pattern Recognition Letters, 28: 173-180, 2007

 

2006

Jun Li, Michael Q. Zhang, Xuegong Zhang, A new method for detecting human recombination hotspots and its applications to the HapMap ENCODE data, American Journal of Human Genetics, 79: 628-639, Oct 2006

Shao Li, Ruiqin Wang, Yulong Zhang, Xuegong Zhang, A. Joseph Layon, Yanda Li and Mingzhe Chen, Symptom combinations associated with outcome and therapeutic effects in a cohort of cases with SARS, The American Journal of Chinese Medicine, 34(6): 937-947, 2006

Jin Gu, Tao He, Yunfei Pei, Fei Li, Xiaowo Wang, Jing Zhang, Xuegong Zhang, Yanda Li, Primary transcripts and expressions of mammal intergenic microRNAs detected by mapping ESTs to their flanking seqeuences, Mammalian Genome, 17: 1033-1041, 2006

Chaolin Zhang, Xuegong Zhang, Michael Q. Zhang, Yanda Li, Neighbor number, valley seeking and clustering, Pattern Recognition Letters, 28: 173-180, 2006 

Fang Fang, Shicai Fan, Xuegong Zhang and Michael Q. Zhang, Predicting methylation status of CpG islands in the human brain, Bioinformatics, 22(18): 2204-2209, 2006

Xuesong Lu, Xuegong Zhang, The effect of GeneChip gene definitions on the microarray study of cancers, BioEssays, 28(7): 739-746, 2006

Chaolin Zhang, Xuesong Lu, Xuegong Zhang, Significance of gene ranking for classification of microarray samples, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 3(3): 312-320, 2006

Xuegong Zhang, Xin Lu, Qian Shi, Xiu-qin Xu, Hon-chiu E Leung, Lyndsay N Harris, James D Iglehart, Alexander Miron, Jun S Liu and Wing H Wong, Recursive SVM feature selection and sample classification for mass-spectrometry and microarray data, BMC Bioinformatics7:197, 2006 (10Apr2006)    

刘沭华,张学工,周群,孙素琴,近红外漫反射光谱法和模式识别技术鉴别中药材产地,《光谱学与光谱分析》,26(4): 629-632, Apr. 2006

许建华,张学工,经典线性算法的非线性核形式,《控制与决策》,vol.21, no.1, pp. 1-12, 2006

Xu Jian-hua, Zhang, Xue-gong, Li Yan-da, Regularized kernel forms of minimum squared error method, Front. Electr. Electron. Eng. China, (2006)1: 1-7

Jianhua XU, Xuegong Zhang, Suqin Sun. Tuning SVM Parameters for Classifying Geographical Origins of Chinese Medical Herbs. International Journal of Wavelet, Multimedia and Information Processing, 2006, 4(3)

 

2005

Shicai Fan & Xuegong Zhang, Characterizing the microenvironment surrounding phosphorylated protein sites, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 3(4): 213-217, 2005

S. Weng, C. Zhang, Z. Liu, and X. Zhang, Mining the structural knowledge of high-dimensional medical data using Isomap, Medical & Biological Engineering & Computing, 43(3): 410-412, 2005

Jianhua Xu, Xuegong Zhang. A Multiclass Kernel Perceptron Algorithm. In: Proceedings of International Conference on Neural Networks and Brain(Mingsheng Zhao and Zhongzhi Shi, editors). Vol. 2, pp. 717-721, Oct. 13-15, 2005, Beijing, China. New York: IEEE Press

Chenghai Xue, Fei Li, Tao He, Guoping Liu, Yanda Li, Xuegong Zhang, Classification of real and pseudo microRNA precursors using local structure-sequence features and support vector machine, BMC Bioinformatics, 6: 310, 2005

Xiangqing Sun, Zhongqi Zhang, Yulong Zhang, Xuegong Zhang, Yanda Li, Multi-locus penetrance variance analysis method for association study in complex diseases, Human Heredity, 60(3): 143-149, 2005 

Xiaowo Wang, Jing Zhang, Fei Li, Jin Gu, Tao He, Xuegong Zhang, Yanda Li, MicroRNA identification based on sequence and structure alignment, Bioinformatics, 21(18): 3610-3614, 2005

Jianning Bi, Huiyu Xia, Fei Li, Xuegong Zhang, Yanda Li, The effect of U1 snRNA binding free energy on the selection of 5' splice sites, Biochemical and Biophysical Research Communications, 333: 64-69, 2005

刘沭华,张学工,周群,孙素琴,模式识别和红外光谱法相结合鉴别中药材产地,《光谱学与光谱分析》,2005v.25, no.6, 878-881  (Use of FTIR and pattern recognition to detemine geographical origins of Chinese midical herbs, Spectroscopy and Spectral Analysis)

Shuhua Liu, Xuegong Zhang, Suqin Sun, Discrimination and feature selection of geographic origins of traditional Chinese medicine herbs with NIR spectroscopy, Chinese Science Bulletin, 50(2): 179-184, 2005  

Keyue Ding, Jing Zhang, Kaixin Zhou, Yan Shen, Xuegong Zhang, htSNPer1.0: software for haplotype block partition and htSNPs selection, BMC Bioinformatics, 6:38, 2005 (1 March 2005)

Keyue Ding, Kaixin Zhou, Jing Zhang, Joanne Knight, Xuegong Zhang, Yan Shen, The effect of haplotype block definations on inference of haplotype block structure and htSNPs selection, Molecular Biology and Evolution, 22(1): 148-159, 2005 

 

2004

Jing Zhang, Fei Li, Jun Li, Michael Q. Zhang, Xuegong Zhang, Evidence and characteristics of putative human alpha recombination hotspots, Human Molecular Genetics, 13(22): 2823-2828, 2004

Xi Ma, Jun Cai, Wei Hu, Yimin Zhang, Yanda Li, Xuegong Zhang, Discovering possible context dependences around SNP Sites in human genes with Bayesian wetwork learning, ICARCV 2004, pp.1315-1319, Dec.2004

Xuesong Lu, Yanda Li, Xuegong Zhang, A simple strategy for detecting outlier samples in microarray data, ICARCV 2004, pp.1331-1335, Dec.2004

孙向青,贾彦彬,张学工,许琪,沈岩,李衍达,多巴胺通路的基因与精神分裂症风险的多位点关联研究,《中国科学》(C辑),34(5): 465-470, 2004

X-Q. Xu, C.K. Leow, X. Lu, X. Zhang, J.S. Liu, W.H. Wong, A. Asperger, S. Deininger, H.E. Leung, Molecular classification of liver cirrhosis in a rat model by proteomics and bioinformatics, Proteomics, 4: 3235-3245, 2004

Jianhua Xu, Xuegong Zhang, A learning algorithm with Gaussian regularizer for kernel neuron, Advances in Neural Networks – ISNN 2004, part I, pp.252-257, Dalian, Aug., 2004

Jianhua Xu, Xuegong Zhang, Kernels based on weighted Levenshtein distance, IJCNN2004, pp.3015-3018, Budapest, July 2004

许建华,张学工,李衍达,支持向量机的新发展,《控制与决策》,vol.19,no.5, pp.481-484, 20045

李衍达,张学工,李飞,生命信息技术前沿热点RNA基因及基因组非编码区的信息挖掘,中国科学院《2004高技术发展报告》,科学出版社,20043 pp. 124-131

Fang Wen, Fei Li, Huiyu Xia, Xin Lu, Xuegong Zhang (corresponding author), Yanda Li, The impact of very short alternative splicing on protein structures and functions in the human genome, Trends in Genetics, vol.20, no.5, May 2004, pp.232-236

Xuesong Lu, Xing Wang, Ying Huang, Wei Hu, Guang R. Gao, Yanda Li, Xuegong Zhang, On some choices in Bayesian network learning for reconstructing regulatory networks, Proceedings of RECOMB04, March 2004, pp. 126-127

Chaolin Zhang, Yanda Li, Xuegong Zhang, gMap: extracting and interactively visualizing nonlinear relationships of genes from expression, Proceedings of RECOMB04,March 2004, pp. 228-229     

许建华,张学工,李衍达,最小平方误差算法的正则化核形式,《自动化学报》,vol.30, no.1, Jan. 2004, pp.27-36  

 

 

 

特邀报告与讲座

 

1.    Xuegong Zhang, Computational prediction of miRNA-regulated pathways in the differentiation of histological grades in breast cancer, ACM-HK Bioinformatics Symposium, March 27, HK, 2010

2.    Xuegong Zhang, Estimating variances of pattern classifiers’ performances with given samples, ISciDE (Sino-foreign-interchange Workshop on Intelligence Science and Intelligent Data Engineering), June 3-5, Harbin, 2010

3.    Xuegong Zhang, Estimating gene expression values from RNA-seq data, IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine (BIBM2010), HK, Dec.18-21, 2010

4.    Xuegong Zhang, Estimating gene expression values from RNA-seq data, The 8th ICSA International Conference: Frontiers of Interdisciplinary and Methodological Statistical Research, Guangzhou, Dec.19-22, 2010

5.    Xuegong Zhang, Computational prediction of microRNA-regulated pathways in the differentiation of histological grades in breast cancer, Opportunities for Integrative Bionetworks to Enable Dynamic Models of Diseases – Beijing Summit, Beijing, Nov.20, 2009

6.    Xuegong Zhang, Putting more biology in learning machines, Planery Keynote Speech at APBC2008,Jan 14-17, 2008, Kyoto

7.    Xuegong Zhang, Studying molecular features of breast cancer with learning machines, invited talk at CAS International Symposium on Developmental Systems Biology, May 18-20, 2008, Beijing

8.    Xuegong Zhang, Bioinformatics Study of the Molecular Features of Breast Cancer, invited keynote talk at the 5th International Conference on Information Technology and Applications in Biomedicine (ITAB08), May 30-31, 2008, Shenzhen

9.    Xuegong Zhang, Learning Biology with Machines: examples from alternative splicing and DNA methylation, invited talk at 2008 International Bioinformatics Workshop,June 7-9, 2008, Kunming

10.  Xuegong Zhang, Understanding lymph node metastasis in breast cancers: a case study of microarray data analysis, invited talk, NSF Sponsored International Conference on Bioinformatics, June 10-14, 2007, Hangzhou

11.  Xuegong Zhang, A bioinformatics study on lymph node metastasis of breast cancers, invited talk, International Symposium on Biochip Technology and Molecular Classification of Disease, May 6-8, Shanghai, 2007

12.  Xuegong Zhang, Some new challenges for pattern recognition on high-throughput genomics/proteomics data, ICCTA2007, Kolkata, India, Mar 3-7, 2007

13.  Xuegong Zhang, Effects of re-mapping the oligo probes onto the updated genome on high-level analyses of microarray data, BNI&IFBT2006, Beijing, Oct. 10, 2006

14.  Xuegong Zhang, Machine learning in high-throughput genomics and proteomics, Tutorial at ICONIP2006 (http://iconip2006.cse.cuhk.edu.hk/program/Tutorial-3), Hong Kong, Oct.3, 2006

15.  Fang Fang, Xuegong Zhang and Michael Q. Zhang, Computational studies in epigenetics, The First International Conference on Computational Systems Biology, Shanghai, July 20-23, 2006

16.  Xuegong Zhang, Building gene networks by fusing literature and microarray data, Transcripteom 2005, Shanghai, Nov.5-9, 2005

17.  Xuegong Zhang, Computational Analysis of Haplotype Blocks and Human Recombination Hotspots, Changchun International Bioinformatics Workshop, Changchun, July 5-7, 2005

18.  张学工,再看高通量表达数据的机器学习分析,东方科技论坛:计算生物学最新进展,上海,200572

19.  Xuegong Zhang, Computation Analysis of Human Recombination Hotspots, 1st International Workshop on Computational and Systems Biology, Beijing, May 23, 2005

20.  张学工生物信息学中的若干计算问题,中国计算机学会青年计算机科技论坛,2005422

21.  Xuegong Zhang, Learning Specific Gene Relation Networks from Literatures, 2005 Sina-German Workshop on Networks: from Biology to Theory, Beijing, Apr 4-8, 2005

22.  Xuegong Zhang, SVM and Its Application Examples in Computational Biology, CSHL bioinformaics seminar, Feb 9, 2005

23.  Xuegong Zhang, Computational Analysis of Haplotype Blocks and Recombination Hotspots, Dr. Jun Lius lab seminar at Harvard University, Feb 1, 2005

24.  Xuegong Zhang, Significance of Gene Ranking for Classification of Microarray Samples, SRCCS 2004 International Workshop for Statistics, Seoul National University, Korea, June 2004

25.  Xuegong Zhang, Considerations on Sample Classification and Gene Selection with Microarray Data using Machine Learning Approaches, Statistical Method in Microarray Analysis Workshop at NUS, Singapore, Jan 2004

26.  张学工,基因表达数据中模式识别问题的一些特点,中国科协中国科学青年科学家论坛第81次论坛“生物信息学中的若干前沿问题的探讨”,20031128-29

 

 

教材、专著与章节

 

1.   张学工,《模式识别》(第三版),清华大学出版社,2010.8

2.    V. Vapnik著,许建华、张学工译,《统计学习理论》,电子工业出版社,2004.6

3.    边肇祺、张学工等编著,《模式识别》(第二版),清华大学出版社,2000.1

4.    V. Vapnik著,张学工译,《统计学习理论的本质》,清华大学出版社,2000.8

5.    张学工、刘业新编著X Window /Motif编程速成》,清华大学出版社,1998.3

6.    Xuegong Zhang and Yanda Li, The application of artificial neural networks in editing noisy seismic data, Chapter 7, in F.Aminzadeh & M. Jamshidi eds., Soft Computing: Fuzzy Logic, Neural Networks, and Distributed Artificial Intelligence, PTR Prentice Hall, NY, 1994