生物信息学研究部3月简报

       3月14-15日,高军涛在成都参加了国家重点研发计划“重要新发突发传染病病原的宿主互作与致病机制研究”的结题汇报。

 

3月15日至16日,谢震应邀在苏州参加了由千人计划联谊会组织的“2019基因编辑技术学术研讨会”,并作了题为“Engineer chimeric Cas9 to expand PAM recognition based on evolutionary information”的特邀报告。

 

3月18日,汪小我应邀在解放军总医院第五医学中心肝脏肿瘤治疗与研究中心作题为“从外周血游离DNA检测癌症信号”的学术报告。

 

3月28日,生物信息学研究部与清华福州数据技术研究院邀请福建医科大学孟超肝胆医院肝病研究所所长刘小龙研究员来访,并作题为“肝癌液体活检与克隆演化”的学术报告。

 

         3月29日至31日,张学工和汪小我参加在成都举办的第六届计算生物学与生物信息学学术会议。张学工担任大会程序委员会主席和大会主持。汪小我应邀作题为“利用生成对抗模型设计新的基因启动子”的特邀报告。

第三期“清华中医药交叉学术沙龙”圆满召开

         2019年3月14日上午,清华中医药交叉学术沙龙(第3期)在清华大学FIT楼顺利召开。该学术沙龙由北京信息科学与技术国家研究中心主办,清华大学中医药交叉研究中心(筹)、清华-福州数据技术研究院、福州数据技术研究院有限公司承办。受生物信息学研究部李梢教授邀请,著名国学专家、中医哲学家、北京中医药大学国学院院长张其成教授作了题为“中医瑰宝,黄帝内经”专题报告。来自清华大学信息国家研究中心、自动化系、医学院、药学院、计算机系,以及中国科学院、北京中医药大学等校内外单位共约100人参会。

陆建华院士在致辞中指出,信息国家研究中心高度重视中医药与信息学的交叉研究,并将“精准中医”作为重点方向之一,希望在中医药与信息科学交叉创新方面,能不断取得突破性成果。随后,李梢教授介绍了清华中医药交叉学术沙龙的背景。在特邀报告中,张其成教授深入浅出地介绍了《黄帝内经》的理论体系,包括气、阴阳、五行、藏象、经络、五运六气等基本概念,代表了中医学对生命本质的独特认识,其中蕴含着深刻的哲学内涵,对于中医药传承和发展具有奠基作用,对于养生、“治未病”等也具有重要的指导价值。张教授精彩的报告引起了与会者的浓厚兴趣。在学术讨论环节,大家围绕现代中医药发展策略、中医与其他学科如何交叉、中医治未病和养生思想、中医文化传播等问题展开了热烈的讨论,本次沙龙取得了圆满成功。

国家中医药管理局国际交流中心、国家发改委国际合作中心领导参观生物信息学与中医药交叉研究成果展厅

         2019年3月6日下午,国家中医药管理局国际交流中心厉将斌常务副主任、郑亚峰研究员,国家发改委国际合作中心科研办潘欣主任、张北研究员一行应邀到清华大学北京信息科学与技术国家研究中心考察、座谈。座谈会由信研院院长吉吟东主持。会上,吉吟东首先介绍本次会议的背景,希望清华大学精准中医与智慧海域宽带网络等项目成果能够对接粤港澳大湾区规划建设。李梢从原创理论、核心技术、转化应用等角度汇报了精准中医的相关成果;王有政汇报了粤港澳智慧湾区海域宽带网络的方案。

厉将斌、潘欣主任分别介绍了粤港澳大湾区规划及澳门中医药科技产业园的发展情况,并结合清华在精准中医、智慧海域宽带方面的成果,对上述两个领域产学研一体化方案提出了宝贵的建议。

座谈会后,与会者共同参观了生物信息学与中医药交叉研究成果展厅,厉将斌主任表示,李梢教授课题组经过近20年的努力,在中医药现代化研究方面积累了重要成果,目前恰逢中医药传承与发展的重大历史机遇,希望进一步做好成果转化,将清华打造成中医药交叉创新研究的前沿高地。

 

浙江大学科学技术研究院院长一行参观中医药交叉研究成果展厅

         2019年3月20日上午,浙江大学科学技术研究院夏文莉院长一行到北京信息科学与技术国家研究中心参观访问期间,参观了国家研究中心生物信息学研究部中医药交叉研究成果展厅。李梢课题组向来宾介绍了团队近二十年来在“生物信息学与中医药现代化”领域的发展历程,重点介绍了以“网络靶标”为核心的原创理论、自主核心技术,以及胃健康精准中医福州落地转化、病证方生物网络解析与发现等典型应用,引起了来访嘉宾的浓厚兴趣,并就如何开展多学科交叉研究、研究成果如何落地转化应用等问题进行了深入交流。

 

生物信息学研究部封面报道炎癌转化网络协同效应,阐释中药协同干预机制

       我国消化道恶性肿瘤发病率总体呈逐年升高趋势,结直肠癌、胃癌、肝癌均是我国五大常见肿瘤,发病率和死亡率位居肿瘤前列。从生物分子网络角度来认识炎癌转化和肿瘤发生的内在机理,有助于克服以往单靶标研究模式的局限,从系统的角度进行肿瘤的精准预防,促进肿瘤“治未病”。然而,达到这一目标的一个关键在于,如何构建并深入分析炎癌转化生物分子网络、揭示网络中具有协同效应的关键模块?针对这一研究难题,生物信息学研究部李梢课题组提出了一条计算与实验相结合的、以“网络计算—组合干预—协同模块”为特点的生物分子网络研究新方法,为深入分析复杂疾病分子网络,并以网络为靶标发现多靶点药物、尤其是中药成分的协同效应提供了新途径,也为网络药理学研究方法提供了重要拓展。上述成果2019年3月15日在国际合成生物学领域权威刊物ACS Synthetic Biology作为封面文章发表。

该文主要通过计算构建炎癌转化的生物分子网络,发现了网络调控机制和协同功能模块,在此基础上预测出可用于治疗炎癌转化的中药有效成分。该研究结果为李梢课题组前期提出的胃炎癌转化“代谢免疫网络失衡”假说提供了重要佐证,为揭示中药多成分协同作用提供了新依据,同时,基于“网络计算组合干预协同模块”的生物分子网络研究新方法,为肿瘤等复杂疾病的精准防治探索了一条新途径。

该研究得到国家自然科学基金等项目的支持,清华大学自动化系博士生郭玉成和硕士生鲍晨为论文共同第一作者,李梢教授、信息科学与技术国家研究中心谢震研究员为共同通讯作者,研究生马大程、曹玉冰在实验方面做出了贡献。

Guo Y, Bao C, Ma D, Cao Y, Li Y, Xie Z, Li S. Network-based combinatorial CRISPR-Cas9 screens identify synergistic modules in human cells. ACS Synthetic Biology 2019;8:482−490

 

数据共享新技术研讨会在清华召开

        医疗健康大数据已成为国家重大战略,在近几年的发展中,各地探索了不同的模式,取得了不少进展,但在数据共享应用方面,也面临着共同的困境。如何破局,是政府、学术和产业界共同关心的问题。2019315日下午,首次医疗大数据共享新技术研讨会在清华大学顺利举行。本次研讨会由国家卫生健康委卫生发展研究中心主办,清华大学北京信息科学与技术国家研究中心(生物信息学研究部)、清华福州数据技术研究院、福州数据技术研究院有限公司承办,研讨会以推动健康医疗大数据共享应用生态建设,促进新技术、新理念的研究及试点落地为主题,来自政府、高校和企业的数十位领域专家共同商讨医疗大数据共享体系建设的破局之道。会上,清华福州数据技术研究院与福建省东南健康医疗大数据中心建设运营有限公司、福建省妇幼保健院就该领域的深入合作达成意向。

国家卫健委卫生发展研究中心游茂处长主持本次会议,国家卫健委卫生发展研究中心傅卫主任等领导、清华大学信息学院党的工作领导小组组长、自动化系党委书记张佐及清华大学学术委员会委员张学工、清华福州数据技术研究院副院长王有政以及来自清华大学、医科院信息所、福建省卫健委统计信息中心、福州市卫健局、福州市大数据委、福州市大数字办、北京市西城区卫生计生委信息中心、湘雅医院、首都儿研所、北京大学医院、孟超肝胆医院、福建省妇幼保建院、福建省东南健康医疗大数据中心建设运营有限公司、德州医学中心、好医生集团、中电数据等机构的多名专家代表出席。

傅卫主任在致辞中强调了国家的要求和期望,希望能用新的大数据技术促进、保障和改进民生;张佐书记介绍了清华大学在大数据技术尤其是医疗健康大数据领域持续的投入,包括清华大学与福州市政府的深入合作。

国家卫生健康委卫生发展研究中心傅卫主任出席研讨会并致辞

清华大学信息学院党的工作领导小组组长、自动化系党委张佐书记讲话

        随后,与会的专家代表分别分享了新的数据共享技术和实践中的需求,对当前数据共享中存在的共享困难、标准不一、技术限制、政策缺失等问题建言献策,构想从”政策驱动”到“数据驱动”的转变,完善数据共享闭环,推动医疗健康大数据事业的发展。会上,德州医学中心武仓林教授提出了“共享结果,不共享数据”的理念;清华大学张学工教授从“医学不够精准,医学不够普惠”这两个问题切入,提出了数据共享利用新体系;清华大学闾海荣副研究员提出了“SOLAR:数据共享之星火燎原行动计划”,介绍了多模态数据融合应用的模式,以及其与传统的数据大集中模式的互补应用方式。

清华福州数据技术研究院、福建省东南健康医疗大数据中心建设运营有限公司及福建省妇幼医院达成合作意向