陈挺研究组在《自然·通讯》发文报道用计算方法还原细胞周期的转录组变化

6月19日,清华计算机系陈挺、自动化系江瑞研究组在《自然·通讯》(Nature Communications)发表了题为 “通过单细胞的全转录组数据还原细胞周期伪时序” (Reconstructing cell cycle pseudo time-series via single-cell transcriptome data)的研究论文,首次报道了利用单细胞mRNA测序技术(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)得到的未同步的单细胞数据,重建细胞周期伪时序的计算方法,对于推进单细胞组学有关研究具有重要意义。

清华计算机系陈挺教授、自动化系江瑞副教授是该论文的通讯作者。自动化系博士生刘泽华为文章第一作者;国家实验室陈宁、计算机系硕士生楼华哲、国际硕士生谢凯琨、博士生王昊等共同完成该工作。该研究得到了科技部973计划、清华信息科学与技术国家实验室、国家自然科学基金中国-以色列联合项目的资助。

世界中医药学会联合会网络药理学国际论坛暨专业委员会第二届学术年会召开

2017年6月11-12日,由生物信息学研究部李梢担任大会主席,世界中医药学会联合会网络药理学专业委员会主办的“网络药理学国际论坛暨专业委员会第二届学术年会”在合肥隆重召开。本次会议的主题是“网络药理学助推中医药现代化与国际化”,主要议题包括“网络药理学与中医药大数据分析方法”、“网络药理学与中药复方作用机理研究”、“网络药理学与复杂疾病和中医证候机制研究”、“网络药理学与中药方剂的转化研究”、“网络药理学与创新药物发现研究”和“网络药理学与中医药大健康产业”。国际微循环联盟主席、美国密苏里大学心血管研究中心主任、医学药理和生理学系主任、生物医学工程学系主任Gerald A. Meininger教授、美国芝加哥大学唐氏植物药研究中心主任袁钧苏教授等相关领域专家共160余名代表出席了本次大会。李梢教授作为世界中联网络药理学专业委员会会长主持了该次会议,并作了题为“大数据时代的网络药理学与中医药研究”的大会报告。

PhNet

中国人工智能学会生物信息学与智能信息处理2017学术年会在上海召开

2017年6月16-18日,由研究部张学工担任大会主席,中国人工智能学会生物信息学与人工生命专业委员会主办,上海交通大学承办的“生物信息学与智能信息处理2017学术年会”在上海顺利召开,来自全国20多个省市的130余名专家学者参加了会议。本次会议的目的是为广大从事生物信息学、合成生物学、人工生命及其他与生命科学相关的智能信息处理研究的专家学者和研究生人员提供一个学术交流平台,推动我国生物信息学、人工生命与合成生物学、智能信息处理的发展和进一步交叉。研究部古槿在会上作了题为“癌症组学数据的低维表示”的学术报告,研究生张谷超、陶敏珍分别作题为“HCCDB: a database for large-scale expression of HCCs”和“Dual CRISPR-Cas9 Knock-out Screening Reveals Genetic Interaction Underlying BRAFV600E Melanoma Drug Resistance”的口头报告。

CBIIP

5月29日-6月1日,张学工应邀参加第13届国际生物信息学研究与应用研讨会(ISBRA2017)并作了Characterization of kinase gene expression and splicing profile in prostate cancer with RNA-seq data的大会报告。

6月7日,丹麦技术大学助理教授Lasse Folkersen博士应邀访问生物信息学研究部并作了题为Leveraging allelic imblance as addition to eQTL的学术报告。

6月20日,生物信息学教育部重点实验室召开2017年学术委员会会议,学术委员会主任沈岩院士和委员李衍达院士、王志新院士、张奇伟教授、孙之荣教授、王秀杰教授等出席,教育部重点实验室主任邓海腾、副主任张学工、鲁志及主要教师和学生参加了会议,谢震、汪小我分别作了“基于合成基因线路的智能药物研究”和Regulation by competing: a hidden layer of gene regulatory networks的学术报告。

6月12日-16日,研究部谢震、汪小我和博士研究生魏磊、马大程赴新加坡参加了国际合成生物学大会SB7.0,魏磊和马大程在会上作海报展示。

6月20日,研究部李梢教授应邀在北京大学前沿交叉学科研究院主办的“科学与中医的他山之石”交叉沙龙作了题为“大数据时代的中医药研究探索”的专题发言。

6月22日至23日,研究部谢震应邀了在上海同济大学,参加了由中国工程院和美国工程院联合主办的“第五届中美工程前沿研讨会”,并作了题为“Programmable synthetic gene circuit as a potential therapeutic intervention for liver cancer”的特邀报告。

6月28日美国德州大学达拉斯分校Zhenyu Xuan助理教授到访研究部,作题为“ Discover the Regulation Mechanism of Non-coding RNA in Gene Transcription”的学术报告,并与研究部师生进行了深入的交流讨论。